Inparanoid是一个寻找物种间直系同源基因的软件，同时相应的网站目前包含了100 organisms， 1687023 sequences。
Inparanoid单机版程序是一款非常优秀的寻找直系同源基因（orthologs）的工具,目前已经开发到4.1版本，可以在线获取（http://software.sbc.su.se/cgi-bin/request.cgi?project=inparanoid）。
软件的基本用法：
1. 输入数据：
两个物种的全部蛋白序列，分别以fasta格式存储，A.pep, B.pep
2.准备工作：
该软件需要调用系统中其他程序，如BLAST，使用前需要修改程序开头部分的BLAST路径设置。
该软件的相关参数也在程序源文件中修改
3.运行方法：
perl inparanoid A.pep B.pep
4.程序输出：
# Output options: #
$output = 1; # table_stats-format output #
$table = 1; # Print tab-delimited table of orthologs to file "table.txt" #
# Each orthologous group with all inparalogs is on one line #
$mysql_table = 1; # Print out sql tables for the web server #
# Each inparalog is on separate line #
$html = 1; # HTML-format output #
相关网站：http://inparanoid.sbc.su.se/cgi-bin/index.cgi
相关论文：
"InParanoid 7: new algorithms and tools for eukaryotic orthology analysis" Ostlund G, Schmitt T, Forslund K, Kostler T, Messina DN, Roopra S, Frings O and Sonnhammer ELL Nucleic Acids Res. 38:D196-D203 (2009) [PDF]
"InParanoid 6: eukaryotic ortholog clusters with inparalogs" Berglund AC, Sjolund E, Ostlund G and Sonnhammer ELL Nucleic Acids Res. 36:D263-266 (2008) [PDF]
"Inparanoid: A Comprehensive Database of Eukaryotic Orthologs" O'Brien Kevin P, Remm Maido and Sonnhammer Erik L.L NAR 33:D476-D480 (2005) [PDF]
"Automatic clustering of orthologs and in-paralogs from pairwise species comparisons" Maido Remm, Christian E. V. Storm, and Erik L. L. Sonnhammer J. Mol. Biol. 314:1041-1052 (2001) [PDF]
