请教 PCR扩增问题

背景：需要不多不少扩下整个片段

上游引物 17bp

tm值：70度

gc含量82.4%

下游引物 36bp

tm值：69.6度

gc含量：38.9%

问题：在进行扩增的时候目的片段应该是5000+，得到的结果却总是2000左右。请问这个是不是由于下游引物gc含量过低导致的？模版上并不存在关于引物的错配。

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沙发 | 回复 | 举报 2018-03-15 17:11

程序拉出来

藤椅 | 回复 | 举报 2018-03-15 19:36

高gc会难扩一点，但是高at有时候扩增效率也不高，你这个39，感觉还行

板凳 | 回复 | 举报 2018-03-15 19:38

应该是有一些二级结构导致的难扩，可以优化一下，尝试加点DMSO, NMF,可以打开二级结构，提高特异性

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