【讨论】测定肠道菌群，qPCR与PCR-DGGE技术测定结果的区别有哪些？

最近看文献，发现大多数人用的都是PCR-DGGE检测，也有实验外包的，可以进行图谱分析。但是相对检测周期要长一些，一个月左右呢。我又查到可以用qPCR检测菌群，据说灵敏度也不错，相对来说要便捷很多。现在就想请问各位，这两种检测方法的具体有哪些差别？

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赵慧铮

沙发 | 回复 | 举报 2015-09-29 17:08

PCR-DEEG，变性梯度凝胶电泳，这个没做过，你可以查查相关文献，感觉做的人还是挺多的，至于qPCR，我感觉，如果你是要做肠道菌群的多样性分析，感觉有点“烧钱”了，毕竟肠道菌群和临床上的致病菌存在差异，而且种类又多，容易受各种因素的影响，感觉没必要使用qPCR，你可以试试末端限制性重复片段长度多态性分析（T-RFLP），这个在菌群的分析上可以说有很大的优势，还有16S rRNA基因文库分析，这方面做的比较好的一个是赵立平教授，前几天刚听他讲肠道菌群，对传统观念有很强的冲击性，你可以看看他的文章；其次是李兰娟院士，去年听她讲课，他们课题组的研究走的太快了，团队的能力太强了，根本跟不上节奏！

blowapc

藤椅 | 回复 | 举报 2015-09-28 18:52

找二代测序公司做吧~

横五竖三点两点

板凳 | 回复 | 举报 2015-09-29 14:16

多看一些文献，自己专业内的是要看，但跟专业相关的周边文献也要看，不然会被局限在以前的技术里面，对自己的研究来说可能吃力不讨好。
pcr-DGGE基本可以放弃了。qPCR检测菌落中有限的几个菌的含量还是可以的，像版主说的，如果你不是只为了检测肠道中有限几个菌的含量、找二代测序公司吧。

赵慧铮

马扎 | 回复 | 举报 2015-09-29 17:08

PCR-DEEG，变性梯度凝胶电泳，这个没做过，你可以查查相关文献，感觉做的人还是挺多的，至于qPCR，我感觉，如果你是要做肠道菌群的多样性分析，感觉有点“烧钱”了，毕竟肠道菌群和临床上的致病菌存在差异，而且种类又多，容易受各种因素的影响，感觉没必要使用qPCR，你可以试试末端限制性重复片段长度多态性分析（T-RFLP），这个在菌群的分析上可以说有很大的优势，还有16S rRNA基因文库分析，这方面做的比较好的一个是赵立平教授，前几天刚听他讲肠道菌群，对传统观念有很强的冲击性，你可以看看他的文章；其次是李兰娟院士，去年听她讲课，他们课题组的研究走的太快了，团队的能力太强了，根本跟不上节奏！

huhu138

地板 | 回复 | 举报 2015-09-30 15:18

赵慧铮
PCR-DEEG，变性梯度凝胶电泳，这个没做过，你可以查查相关文献，感觉做的人还是挺多的，至于qPCR，我感觉，如果你是要做肠道菌群的多样性分析，感觉有点“烧钱”了，毕竟肠道菌群和临床上的致病菌存在差异，而且种类又多，容易受各种因素的影响，感觉没必要使用qPCR，你可以试试末端限制性重复片段长度多态性分析（T-RFLP），这个在菌群的分析上可以说有很大的优势，还有16S rRNA基因文库分析，这方面做的比较好的一个是赵立平教授，前几天刚听他讲肠道菌群，对传统观念有很强的冲击性，你可以看看他的文章；其次是李兰娟院士，去年听她讲课，他们课题组的研究走的太快了，团队的能力太强了，根本跟不上节奏！

好的，很感谢提供思路~