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构建crispr/cas9-gRNA KO 细胞系,转染完质粒后,加嘌呤霉素筛选三天了,大部分细胞死亡,剩下的应该是转染进去的,那么下一步应该怎么筛选单克隆呢?还要用加了嘌呤霉素的培养基还是换用普通的培养基呢?一般要筛选多少天呢?
具体应该怎么检测是否有敲除呢,假如里面有的有敲除有的没有敲除的话,能检测出来吗,关键是加药三天后细胞大部分都死了,只有很少存活下来的,也不够用来提RNA 和蛋白的啊,怎么办
分选单克隆,提基因组在目的片段附近P一段测序,对比野生型基因组序列
转染进去了,也不一定发生knock out了。楼上说的对,你应该把细胞增殖到一定的数量后,再去验证这堆细胞里面有没有发生knock out的,如果有再慢慢挑到那个对的细胞。
楼上说的对,进去了也不一定起作用,将药筛下来的细胞检测下,T7E1 & 测序看下是否有突变或突变的强度,再计划是否筛选单克隆,混合克隆里可能有未突变的,突变了但未移码的,所以要挑出移码突变的单克隆才有意义