原来做过本地blast，但那是三年前的事了，这次来新单位后要重新自己构建blast，才发现NCBI中blast已经有了很多变化，默认连接的下载页面变成了blast+，blast+中主要程序描述如下：
| Program | Function |
|---|---|
| blastdbcheck | 检查数据库完整性 |
| blastcmd | 从blast数据库中检索序列或其它信息 |
| blast_aliastool | 创建数据库别名 |
| blastn | 核酸序列与核酸数据库比较 |
| blastp | 蛋白质序列与蛋白质数据库比较 |
| blastx | 核酸序列与蛋白持数据库比较 |
| blast_formatter | 使用指定的ID格式化网络blast结果 |
| convert2blastmask | 转换小写的masking成makeblastdb可读格式 |
| dustmasker | 过滤掉低重复序列 |
| lagacy_blast.pl | 转换一个legacy blast search程序为blast+配对并执行 |
| makeblastdb | 格式化一个FASTA文件为一个blast数据库 |
| makembindex | 为一个存在的核酸数据库建立一个megablast索引 |
| psiblast | 查找蛋白质家族，计算提供的蛋白质的遗传距离或者建立位置特异性矩阵 |
| rpsblast | 从一个蛋白质保守区域数据库中检索蛋白序列的功能区域 |
| rpsblast | 将核酸序列以六种阅读框的形式转换成蛋白序列后从蛋白保守区域数据库中检索蛋白功能区域 |
| segmasker | 过滤掉低重复序列并转换成蛋白序列 |
| tblastn | 在核酸数据库中检索蛋白序列 |
| tblastx |
核酸与核酸数据库在蛋白质水平比较 |
| update_blastdb.pl | 在NCBI中下载blast数据库 |
这个blast+程序虽然功能强大了，但一下子还用不习惯，而且平时用得最多的比较两个序列的程序也没有，于是想找原来的blast，阅读了大量的说明，花了我半天的时间终于找到了，地址为：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/release/LATEST ，下载与系统匹配的就可以了，一般如果是windows XP 系统就下载win32的，windows 7或windows 8 64位的就下载win64，而我的系统为ubuntu 64位系统就下载了blast-2.2.26-x64-linux.tar.gz，解压后在解压文件的/bin/文件夹就可以看到熟悉的blastall,formatdb,bl2seq等程序了，具体功能描述如下（原始说明）：
| Program | Function |
|---|---|
| bl2seq | Directly comparing two FASTA sequences |
| blastall | legacy blast containing the subfunction of blastn, blastp, blastx, tblastn, and tblastx |
| blastclust | Clusters input FASTA sequences into related groups |
| blastpgp | Standalone PSI-BLAST for search of distantly related protein sequences and generate position-specific matrices |
| copymat | Copies blastpgp output for input to makemat |
| fastacmd | Retrieves specific sequence or dumps the sequences from a formatted blast database |
| formatdb | Convert FASTA formatted seqeucne file into BLAST database |
| formatrpsdb | Format scoremat files into an RPSBLAST database |
| impala | protein profile search program, mostly replaced by rpsblast |
| makemat | Convert the copymat files into scoremat format, no loger needed by new blastpgp output |
| megablast | Faster batch blastn program that uses greedy-algorithm. Works in contiguous or more sensitive discontiguous mode |
| rpsblast | reverse PSI-BLAST program for searching against conserved domain database |
| seedtop | Pattern search program |
关于程序调用方法网上有很多资料，就不多在这里重复，这里只举个简单的例子，如调用bl2seq，“./bl2seq -i seq1.fa -j seq2.fa”。
