如果你有一段序列，想知道在基因组的位置，或者想进行基因定位，一般都是用NCBI的在线Blast，但Blast不仅速度慢，而且结果较多，很难找到想要的东西。如果你的序列是脊柱动物的，那么用UCSC的Blat会非常方便。
首先打开其页面http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgBlat?command=start，在第一个下拉框中选择对应的物种，目前UCSC包含大部已测序的脊柱动物，线虫，微生物的注释信息，然后在第二个下拉框中选择对应的注释版本，如对于Human，NCBI37对应hg19，如果你想比较你的序列定位信息，要特别留意这个版本号。其它的不需要改，在下面文本框中填入你的序列后，点击下面的”submit”就可以了，序列长度要大于30bp，序列有空格，分行符，数字，大小写不统一，是不是Fast格式都没关系，系统会忽略掉的。
在接下来的结果页面，第一结果往往就是最好的结果，看一下 IDENTITY 那列是不是100%，SPAN列是不是你序列的长度，如果第二结果或者第三个结果和第一个结果一样都是100%，SPAN长度也和你的序列长度一样，那说明你的序列不具有特异性，存在于多个位置。如果IDENTITY没有100%，但有98%以上，且SPAN长度和你序列差不多，那么你的序列和标准序列有高同源性，基因位置也基本一样。点击ACTIONS列下的detail链接就可以看到序列的详细信息。browser链接图形显示序列在整个基因组的位置，点击那些条条就可看到相关信息。在图形下面那些众多的下拉框中，你想显示哪个就将hide改成dense或者pack然后点上面的refresh，就可在上面的图形中找到对应的东东了。图形界面的“<”和“>”可以放大和缩小基因组范围。
