以下是整理的最新miRbase 19版本的物种及其编号。
| aae.gff3 | Aedes aegypti | 埃及伊蚊 |
| aca.gff3 | Anolis carolinensis | 变色龙 |
| aga.gff3 | Anopheles gambiae | 冈比亚按蚊 |
| ame.gff3 | Apis mellifera | 意蜂 |
| api.gff3 | Acyrthosiphon pisum | 豌豆蚜 |
| ath.gff3 | Arabidopsis thaliana | 拟南芥 |
| bdi.gff3 | Brachypodium distachyon | 短柄草 |
| bfl.gff3 | Branchiostoma floridae | 真红藻 |
| bmo.gff3 | Bombyx mori | 家蚕 |
| bna.gff3 | Brassica napus | 油菜 |
| bta.gff3 | Bos taurus | 牛 |
| cbr.gff3 | Caenorhabditis briggsae | 新杆状线虫 |
| cel.gff3 | Caenorhabditis elegans | 秀丽隐杆线虫 |
| cfa.gff3 | Canis familiaris | 家犬 |
| cin.gff3 | Ciona intestinalis | 玻璃海鞘 |
| cqu.gff3 | Culex quinquefasciatus | 致乏库蚊 |
| cre.gff3 | Chlamydomonas reinhardtii | 莱茵衣藻 |
| crm.gff3 | Caenorhabditis remanei | 线虫 |
| csa.gff3 | Ciona savignyi | 海鞘 |
| cte.gff3 | Capitella teleta | 海蠕虫 |
| dan.gff3 | Drosophila ananassae | 嗜凤梨果蝇 |
| ddi.gff3 | Dictyostelium discoideum | 盘基网杆菌 |
| der.gff3 | Drosophila erecta | 果蝇 |
| dgr.gff3 | Drosophila grimshawi | 果蝇 |
| dme.gff3 | Drosophila melanogaster | 黑腹果蝇 |
| dmo.gff3 | Drosophila mojavensis | 果蝇 |
| dpe.gff3 | Drosophila persimilis | 果蝇 |
| dps.gff3 | Drosophila pseudoobscura | 拟暗果蝇 |
| dpu.gff3 | Daphnia pulex | 蚤状溞 |
| dre.gff3 | Danio rerio | 斑马鱼 |
| dse.gff3 | Drosophila sechellia | 果蝇 |
| dsi.gff3 | Drosophila simulans | 拟果蝇 |
| dvi.gff3 | Drosophila virilis | 果蝇 |
| dwi.gff3 | Drosophila willistoni | 果蝇 |
| dya.gff3 | Drosophila yakuba | 果蝇 |
| ebv.gff3 | Epstein Barr virus | EB病毒 |
| eca.gff3 | Equus caballus | 家马 |
| egr.gff3 | Echinococcus granulosus | 细粒棘球绦虫 |
| emu.gff3 | Echinococcus multilocularis | 多房棘球绦虫 |
| fru.gff3 | Fugu rubripes | 红鳍东方鲀 |
| gga.gff3 | Gallus gallus | 原鸡 |
| ggo.gff3 | Gorilla gorilla | 大猩猩 |
| gma.gff3 | Glycine max | 大豆 |
| hcmv.gff3 | Human cytomegalovirus | 人源巨细胞病毒 |
| hme.gff3 | Heliconius melpomene | 红带袖蝶 |
| hsa.gff3 | Homo sapiens | 人 |
| isc.gff3 | Ixodes scapularis | 肩突硬蜱 |
| kshv.gff3 | Kaposi sarcoma-associated herpesvirus | Kaposi肉瘤病毒 |
| lgi.gff3 | Lottia gigantea | 霸王莲花青螺 |
| mdm.gff3 | Malus domestica | 苹果 |
| mdo.gff3 | Monodelphis domestica | 短尾负鼠 |
| mdv1.gff3 | Mareks disease virus | 马立克氏病毒 |
| mghv.gff3 | Mouse gammaherpesvirus 68 | γ-疱症病毒 68 老鼠 |
| mml.gff3 | Macaca mulatta | 猕猴 |
| mmu.gff3 | Mus musculus | 小鼠 |
| mtr.gff3 | Medicago truncatula | 蒺藜苜蓿 |
| nve.gff3 | Nematostella vectensis | 海葵 |
| nvi.gff3 | Nasonia vitripennis | 蝇蛹金小蜂 |
| oan.gff3 | Ornithorhynchus anatinus | 鸭嘴兽 |
| ola.gff3 | Oryzias latipes | 青鳉，稻田鱼 |
| osa.gff3 | Oryza sativa | 水稻 |
| ppc.gff3 | Pristionchus pacificus | 线虫 |
| ppt.gff3 | Physcomitrella patens | 小立碗藓 |
| ppy.gff3 | Pongo pygmaeus | 猩猩 |
| ptc.gff3 | Populus trichocarpa | 毛果杨 |
| ptr.gff3 | Pan troglodytes | 黑猩猩 |
| rco.gff3 | Ricinus communis | 蓖麻 |
| rno.gff3 | Rattus norvegicus | 大鼠 |
| rrv.gff3 | Rhesus monkey rhadinovirus | 恒河猴疱疹病毒 |
| sbi.gff3 | Sorghum bicolor | 高粱 |
| sha.gff3 | Sarcophilus harrisii | 袋獾 |
| sja.gff3 | Schistosoma japonicum | 日本血吸虫 |
| sly.gff3 | Solanum lycopersicum | 番茄 |
| sma.gff3 | Schistosoma mansoni | 曼氏血吸虫 |
| sme.gff3 | Schmidtea mediterranea | 真涡虫 |
| spu.gff3 | Strongylocentrotus purpuratus | 紫色球海胆 |
| ssc.gff3 | Sus scrofa | 猪 |
| tae.gff3 | Triticum aestivum | 小麦 |
| tca.gff3 | Tribolium castaneum | 赤拟谷盗 |
| tgu.gff3 | Taeniopygia guttata | 斑胸草雀 |
| tni.gff3 | Tetraodon nigroviridis | 青斑河豚 |
| vvi.gff3 | Vitis vinifera | 葡萄 |
| xtr.gff3 | Xenopus tropicalis | 非洲蟾蜍 |
| zma.gff3 | Zea mays | 玉米 |
