在原核生物中，mRNA 只占全部 RNA 的 1-5%，其余绝大部分是 ribosomal RNA，因此若要测序 mRNA 首先必须先将 mRNA 纯化出来，然而，原核生物并不像真核生物 mRNA 具有 poly A 的结构，因此，无法直接利用 oligo T 将 mRNA 纯化出来，如果拿 total RNA 进行测序，那么定序的效率一定会非常差，因为大部分的序列都来自 rRNA；如何提升原核生物 mRNA 的量，已成为 NGS 系统的重要议题，目前，提升原核生物 mRNA 的量，最主要的方式不外乎分为两大类，第一类是减少 rRNA 的量(下图 a 与 b )，图 a 的方式是利用 rRNA 的 probe 将 rRNA 去除，这也是最常用的方式，然而，去除 rRNA 的效率会与 probe 序列的设计与生物物种有关；图 b 的方式是利用针对 rRNA 作用的酵素将 rRNA 去除，主要是利用原核生物的 mRNA 5’端有三个磷酸，而此酵素无法对三个磷酸的结构作用，因此，能够有效去除 rRNA。
另外一大类则是将 mRNA 分离纯化出来(上图 c 与 d )，图 c 的方式是利用 E. coli 的 poly A polymerase 将 mRNA 3’端接上 poly A，再利用 oligo T 将 mRNA 纯化出来；图 d 的方式是利用 Co-IP 的方式针对 RNA binding protein 进行 IP，最后再将 mRNA 纯化出来。
以上四种方式是目前比较常见的方式，各有其优缺点，主要还是依不同研究的需求，找出最适当的方式。
