利用tophat和Cufflinks做转录组差异表达分析的步骤详解

今天一个同学给我推荐一篇Nature Protocol 上文章，关于转录组差异表达分析。尚在正式通读之前习惯性浏览一遍图表，说实在这篇文章着实让我觉得有点“另类”。这是一篇活生生的利用Bowtie、tophat和Cufflinks做转录组差异表达分析的protocol。里面详细讲解每一步需要分析什么，用哪些些软件，已经相关命令和参数。

根据文章介绍的workflow，做转录组分析，无论是链特异性转录组数据（Strand-specific RNA-seq）还是非特异性数据，主要内容包括下面几个部分：

1）reads mapping，这里面推荐两款软件一个是Bowtie，另一个是tophat（此软件相对于Bowtie或者bwa，可以识别转录本的可变剪接）

2）转录组本组装（利用Cufflinks），转录本与已有基因组注释比较（利用Cuffcompare）、合并（利用Cuffmerge），转录组本差异表达分析（利用Cuffdiff）。

下面附上原文中的两张图片供大家快速预览转录组分析大致过程，其中图1是转录组分析中可能会用到的软件以及相关功能，图2：是转录本分析的一般流程。

图1

图2

 关于转录组分析的相关软件在分析数据过程中的命令和参数，这里就不附加上来了，请大家直接阅读原文。

Cole Trapnell, Adam Roberts, Loyal Goff, Geo Pertea, Daehwan Kim, David R Kelley, Harold Pimentel, Steven L Salzberg, John L Rinn & Lior Pachter. Differential gene and transcript expression analysis of RNA-seq experiments with TopHat and Cufflinks. Nature Protocols 7, 562–578 (2012) doi:10.1038/nprot.2012.016

没有权限从nature method官方网站上面下载全文的同学,欢迎加入生物信息学QQ:235461986,从群共享下载。也可以考虑从这个链接里面下载：

Differential gene and transcript expression analysis of RNA-seq experiments with TopHat and Cufflinks。

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