Circos在windows环境下运行的详细教程

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################### 一、下载安装circos及perl ####################

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1. 安装Perl

运行circos需要Perl来编译其各种code，unix环境默认安装Perl的，而对于windows用户来说，需要自己安装，也可以通过Perl –v 确认是否已安装。可以安装 Strawberry Perl或者ActiveState Perl都可以通过CPAN shell来安装模块。（模块安装见第二步）

2、circos安装和运行

1)下载安装文件：在 http://www.circos.ca/software/download/circos 页面下载circos安装文件。比如Circos-0.66.tgz. 把此压缩文件解压，放到我们想安装的地方，比如C:\Circos-0.66，里面所对应的文件如下：

• circos-0.66
• CHANGES
• README
• TODO
• bin/
• etc/
• fonts/
• lib/
• tiles/
• tools/

2)下载tutorials

在http://www.circos.ca/software/download/tutorials 页面下载 circos tutorial文件，比如circos-tutorials-0.66.tgz , 将其解压，把所有文件放到C:\Cicos-0.66下。

• data/
• tutorials/

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################### 二、配置Perl module 模块 ####################

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1、安装Perl modules：运行Perl 需要将以下modules都安装起来

• Config::General (v2.50 or later)
• Font::TTF
• GD
• List::MoreUtils
• Math::Bezier
• Math::Round
• Math::VecStat
• Params::Validate
• Readonly
• Regexp::Common
• Set::IntSpan (v1.16 or later)
• Text::Format

2、安装module方法：（以GD module为例）

①将这些module下载：网址：http://search.cpan.org/

②解压到perl安装目录下的lib目录中；

③打开cmd；进入当前lib文件夹下的module文件夹：cd C:\perl\lib\GD

④再输入：perl Makefile.PL

⑤再输入：dmake

⑥再输入：dmake test

⑦再输入：dmake install

接下来的其他module按类似的步骤，全部配置好，防止将来跑程序出错。

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################### 三、运行circos提供的例子 ####################

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1、进入example目录：cd C:\circos-0.66\example

2、调试第一个例子：perl ..\bin\circos -conf .\etc\circos.conf

3、调试第二个例子：perl ..\bin\circos -conf ..\tutorials\2\2\circos.conf

4、调试第三个例子：跑这个程序之前得在example目录新建一个目录new_output，再输入以下代码