安装前的一些准备
- Config::General
- File::Basename
- File::Spec::Functions
- GD
- GD::Polyline
- Getopt::Long
- IO::File
- List::Util
- Math::Bezier
- Math::BigFloat
- Math::Round
- Math::VecStat
- Memoize
- Params::Validate
- Pod::Usage
- Readonly
- Set::IntSpan
- Regexp::Common
首先，Circos是基于perl的，所以无论是linux还是windows都要求先装上perl，由于我通常工作都是在win下面进行，所以这次以在win下面安装为例。
我选择Strawberry Perl：http://strawberryperl.com/
在win下面安装可以少一些痛苦。一切默认安装进行，OK。
比较痛苦的是为Perl安装各种模块，官方要求的模块就包括以下：
安装过程中发现还要再安装
不幸中的万幸，Strawberry提供了一个CPAN Client的命令行界面，可以在线下载并安装，具体命令就是三步曲：
get Config::General
make Config::General
install Config::General
Anyway，把以上的都装好之后，就可以进入下一步了。
Circos的安装
首先将Circos的安装包(circos-0.54.tgz)下载下来: http://mkweb.bcgsc.ca/circos/software/download/
所谓的安装其实很简单，就是把压缩包直接解压到你想要安装的路径即可。
Circos的基本工作流程
在画图之前有必要先介绍一下Circos的基本工作流程。Circos的配置文件circos.conf对程序的运行有着决定性的作用，里面定义着Circos工作的各种参数，主要包括画图的类型，颜色，字体，IO File的路径等等。
当然，data对于Circos也非常重要，Circos读入的data都是文本文件，格式是每行：
chr start end value [options]
value一般是颜色，也可能是文字（作为标签），详细定义请参见 : http://mkweb.bcgsc.ca/circos/tutorials/lessons/2d_tracks/connectors/configuration
另外，Circos的安装包里的data目录下有各种data文件可供测试。
用Circos来画出你的第一个基因组图谱
首先命令行cd到Circos的安装目录下：
cd circus-x.xx
下面采用tutorials里面的一个例子来作图：
perl .\bin\circos -conf .\tutorials\5\1\circos.conf
如果界面在一阵数据刷屏之后显示：
created image at D:/Software/circos-0.54/circos-tutorial.png
created image at D:/Software/circos-0.54/circos-tutorial.svg
那么你的作图就成功了，当然你也可以打开.\tutorials\5\1\circos.conf去修改里面的参数。
最后希望你能够通过上面简单的介绍，对Circos能有个轻松的入门。如果你还想深入学习，那么就要仔细的自己去看tutorial了。
