最近在做一个细菌的转录组的课题，其中一个任务是寻找CRP依赖的基因和operon的promoter序列。网上搜了一些资料。Virtual Footprint可以实现一些功能。但是Virtual Footprint是利用大肠杆菌中motif的matrix来分析你的序列，而不能从一堆序列中，通过统计学规律寻找潜在的motif。最后同学推荐MEME，这个软件的确很不错，也强大。
因为我已经找到了一些潜在依赖CRP与cAMP复合物转录的基因和operon，于是提取operon前200bp的DNA序列，然后放到meme中，他能自动寻找所有潜在的motif。当然效果也不错，预测的motif和其他论文中报道的别的细菌CRP promoter序列基本一致。
下面是MEME的suit所有的programs：
我所用到的是MEME这个program，其他的大家可以自己根据自己研究情况来探索。同时MEME suit有在线分析版本和本地版本，目前我是用的是在线分析版本，如果序列比较大（超过了60kb，只能减少序列或者使用单机版本）。有新的发现欢迎也来分享一下你的经验哦。
