目前有不少用于基因组装配和比对的程序和算法，但是该选哪一个呢？许多序列分析的专家认为，这取决于基因组的大小、读取有多长，以及采用的是哪种测序技术。通常，软件还需要优化，以满足每个实验室的独特需求。在此，我们整理了这些数据分析工具的信息，供大家参考。
Alignment与mapping:
BLAT: http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgBlat?command=start
Bowtie: http://bowtie-bio.sourceforge.net/index.shtml
CABOG: http://sourceforge.net/apps/mediawiki/wgs-assembler/index.php?title=Main_Page
CLUSTALW: http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalw2
LAGAN & Shuffle-LAGAN: http://lagan.stanford.edu/lagan_web/index.shtml
MUGSY:
http://mugsy.sourceforge.net
MUMmer: http://mummer.sourceforge.net
Assembly:
SOAPdenovo:
http://soap.genomics.org.cn/soapdenovo.html
Abyss 1.3.0: http://www.bcgsc.ca/platform/bioinfo/software/abyss/releases/1.3.0
Arachne & AllPath: https://www.broadinstitute.org/scientific-community/science/programs/genome-sequencing-and-analysis/computational-rd/computational-
TotalReCaller: http://bioinformatics.nyu.edu/wordpress/projects/totalrecaller
Velvet: http://www.ebi.ac.uk/~zerbino/velvet
VISTA tools，包括AVID: http://pipeline.lbl.gov/run5details.shtml
Illumina的软件：http://www.illumina.com/software.ilmn
ION PGM测序仪的社区：http://www.iontorrent.com/forum/
另外附上一些精选的数据分析工具：
| 名称 | 链接 | 评论 |
| 基因组重测序 | ||
| Bwa | http://bio-bwa.sourceforge.net | 比对工具 |
| Dindel | http://sites.google.com/site/keesalbers/soft/dindel | 小的插入/缺失发现 |
| Erds | http://www.duke.edu/~mz34/erds.htm | 拷贝数变异发现 |
| Pindel | http://www.ebi.ac.uk/~kye/pindel/ | 小的插入/缺失发现 |
| Samtools | http://samtools.sourceforge.net | 操控比对后数据的工具 |
| Sequence Variant Analyzer | http://www.svaproject.org | 在基因组背景下显示变异 |
| Chip-Seq | ||
| Findpeaks | http://vancouvershortr.sourceforge.net | |
| RNA-Seq | ||
| Cufflinks | http://cufflinks.cbcb.umd.edu | 测定转录本丰度 |
| Tophat | http://tophat.cbcb.umd.edu | 剪接点定位 |
| De Novo 拼接 | ||
| Oases | http://www.ebi.ac.uk/~zerbino/oases/ | 根据转录组数据拼接 |
| 基因组浏览器 | ||
| Integrated Genome Browser | http://www.bioviz.org/igb/ | |
| Integrative Genomics Viewer | http://www.broadinstitute.org/software/igv/ |
