推荐一个SAM文件中flag含义解释工具_生物软件圈_商圈

SAM是Sequence Alignment/Map 的缩写。像bwa等软件序列比对结果都会输出这样的文件。samtools网站上有专门的文档介绍SAM文件。具体地址：http://samtools.sourceforge.net/SAM1.pdf

很多人困惑SAM文件中的第二列FLAG值是什么意思。根据文档介绍我们可以计算，但是为了方便大家，下面给大家提供一个脚本工具，大家直接输入flag值就可以知道它代表的含义了。

该脚本的使用方法如下截图所示：

脚本工具的使用方法：

将下面的代码保存在记事本里面，另存为一个html文件，如文件名：FlagExplain.html（拓展名一定要为.html）。双击既可以在浏览器里面打开了。

<title>Explain SAM Flags</title>

lstFlags = [["read paired", 0x1],

["read mapped in proper pair", 0x2],

["read unmapped", 0x4],

["mate unmapped", 0x8],

["read reverse strand", 0x10],

["mate reverse strand", 0x20],

["first in pair", 0x40],

["second in pair", 0x80],

["not primary alignment", 0x100],

["read fails platform/vendor quality checks", 0x200],

["read is PCR or optical duplicate", 0x400]];

function explainFlags() {

var flagValue = parseInt(document.getElementById('tb').value); //returns 0 or NaN if can't parse

var summary = "";

for(var i = 0; i < lstFlags.length; i++) {

var checkbox = document.getElementById('cb' + i)

if(lstFlags[i][1] & flagValue) {

summary += "     " + lstFlags[i][0] + "<br>";

checkbox.checked = true;

} else {

checkbox.checked = false;

}

document.getElementById('summary').innerHTML = summary;

}

function checkboxClicked() {

//compute the new flag value

var newFlagValue = 0;

for(var i = 0; i < lstFlags.length; i++) {

var checkBox = document.getElementById('cb' + i);

if(checkBox.checked) {

newFlagValue |= lstFlags[i][1];

}

var textbox = document.getElementById('tb');

textbox.value = newFlagValue;

explainFlags();

}

</script>

</head>

<body>

This utility explains SAM flags in plain English. <br>

<br>

Flag:  

<br>

Explanation:<br>

for(var i = 0; i < lstFlags.length; i++) {

document.write("<input type=checkbox name=cb" + i + " id='cb" + i + "' onclick='checkboxClicked();'>   " +lstFlags[i][0] + "</input><br>");

}

</script><input type="checkbox" name="cb0" id="cb0" onclick="checkboxClicked();">   read paired<br><input type="checkbox" name="cb1" id="cb1" onclick="checkboxClicked();">   read mapped in proper pair<br><input type="checkbox" name="cb2" id="cb2" onclick="checkboxClicked();">   read unmapped<br><input type="checkbox" name="cb3" id="cb3" onclick="checkboxClicked();">   mate unmapped<br><input type="checkbox" name="cb4" id="cb4" onclick="checkboxClicked();">   read reverse strand<br><input type="checkbox" name="cb5" id="cb5" onclick="checkboxClicked();">   mate reverse strand<br><input type="checkbox" name="cb6" id="cb6" onclick="checkboxClicked();">   first in pair<br><input type="checkbox" name="cb7" id="cb7" onclick="checkboxClicked();">   second in pair<br><input type="checkbox" name="cb8" id="cb8" onclick="checkboxClicked();">   not primary alignment<br><input type="checkbox" name="cb9" id="cb9" onclick="checkboxClicked();">   read fails platform/vendor quality checks<br><input type="checkbox" name="cb10" id="cb10" onclick="checkboxClicked();">   read is PCR or optical duplicate<br>

<br>

Summary:<br>

</div></form></body></html>