GBrowse安装记录_生物软件圈_商圈

安装步骤

perl、mysql安装略过
apache安装
Shell
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% cd httpd-2.x.xx
% ./configure --prefix=$HOME/httpd/prefork --with-mpm=prefork
% make && make install
libgd2的安装
Shell
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wget http://www.libgd.org/releases/gd-2.0.35.tar.gz
tar zxvf gd-2.0.35.tar.gz
cd gd-2.0.35
./configure
sudo make install

mod_perl安装

wget http://perl.apache.org/dist/mod_perl-2.0-current.tar.gz

tar zxvf mod_perl-2.0-current.tar.gz

cd mod_perl-2.0-current

perl Makefile.PL MP_AP_PREFIX="$HOME/httpd-2.2" MP_AP_CONFIGURE="--with-mpm=prefork"

make

make test

make install

必须的Perl libraries安装

sudo perl -MCPAN -e 'install Module::Build'

sudo perl -MCPAN -e'install GD'

sudo perl -MCPAN -e'install JSON'

sudo perl -MCPAN -e'install LWP'

sudo perl -MCPAN -e'install Storable'

sudo perl -MCPAN -e'install IO::String'

sudo perl -MCPAN -e'install Capture::Tiny'

sudo perl -MCPAN -e'install File::Temp'

sudo perl -MCPAN -e'install Digest::MD5'

sudo perl -MCPAN -e'install CGI::Session'

sudo perl -MCPAN -e'install Statistics::Descriptive'

sudo perl -MCPAN -e'install GD::SVG'

sudo perl -MCPAN -e'install DBI'

sudo perl -MCPAN -e'install DBD::mysql'

sudo perl -MCPAN -e'install DBD::Pg'

sudo perl -MCPAN -e'install DB_File::Lock'

sudo perl -MCPAN -e'install File::NFSLock'

sudo perl -MCPAN -e'install Template'

sudo perl -MCPAN -e'install Bio::Root::Version'

sudo perl -MCPAN -e'install Date::Parse'

sudo perl -MCPAN -e'install Capture::Tiny'

sudo perl -MCPAN -e'install Test::Most

sudo perl -MCPAN -e'install Bio::ASN1::EntrezGene

sudo perl -MCPAN -e'install DBD::mysql

sudo perl -MCPAN -e'install Bio::Perl'

sudo perl -MCPAN -e'install Bio::Graphics'

如果安装失败，下载源代码进行安装，比如对于bioperl的安装：

wget --no-check-certificate \

http://github.com/bioperl/bioperl-live/tarball/master -O bioperl.tar.gz

tar zxvf bioperl.tar.gz

cd bioperl-bioperl*

perl Build.PL

sudo ./Build install

GBrowse的安装

1 2	svn co https://gmod.svn.sourceforge.net/svnroot/gmod/Generic-Genome-Browser/trunk Generic-Genome-Browser cd Generic-Genome-Browser

===编译===

perl Build.PL \

--cgibin=$HOME/httpd/cgi-bin/gbrowse2 \

--conf=$HOME/httpd/conf/gbrowse2 \

--htdocs=$HOME/httpd/htdocs/gbrowse2 \

--tmp=$HOME/httpd/tmp \

--portdemo=8080 \

--wwwuser=daemon

./Build test

有些测试用例没有通过，但是并不影响对于GBrowse的使用
===安装配置===
计划好安装目录，可以通过该参数进行配置，

1	./Build config

如果需要重新配置，需要

./Build reconfig

./Build demo

./Build install

有关权限需要说明的

安装配置需要指明httpd进程的用户，这样使得指定的目录比如数据库文件目录，临时文件目录，Session文件目录具有相应的权限
对于配置文件的修改权限，安装时，因为需要向Perl库写入文件，所以需要使用root进行安装，许多文件都是root级别的，需要做相应的修改chown，chmode
对于perl模块的安装都是使用root，将其安装到用户的目录，尝试了，但是还没有完全领会
页面访问，发生内部错误，通过勘查error.log文件，可以找到错误的确切原因，给予解决

安装感受

需要的Perl模块，可以使用CPAN进行安装sudo perl -MCPAN -e shell, install **，但是如果失败的话，一定要按照该模块的说明进行手工安装，大部分原因是需要第三方库；
perl的模块都可以在 http://search.cpan.org搜索得到；
按部就班，将所有需要的模块进行安装，然后就是配置./Build reconfig；
这时候还出错的话，就是配置文件出问题了，需要修改GBrowse.conf, 最后遇到的问题就是报告错误。

来源：http://boyun.sh.cn/bio/?p=1783