多序列比对在分子生物学中是一个基本方法，用来发现特征序列，进行蛋白分类，证明序列间的同源性，帮助预测新序列二级结构与三级结构，确定PCR引物，以及在分子进化分析方面均有很大帮助，Clustal W（Dos版本）很适合这些方面的要求，Clustal X是window版本。
用Clustal比对后的序列，有时候我们需要转为图片放在文章作详细方析，但大部分人的方法都是直接截图，这样的后果就是图片一点都不美观。如果你是想要发表文章或其它比较重要的用途，图片的质量还是需要高一点的。
今天LIUCHENG.NAME教大家如何把ClustalX的结果转为漂亮的图片的方法，你可以根据需要设置每一行显示的字母数，是黑白的还是彩色的，够酷吧。先来看个效果图吧。
这里需要用到两个软件，一个是Clustal X，这个就不用说了。这时相信你已经有了clusalX序列比对后的结果，有两个文件，一个是.aln文件，存放多序列比对的结果。一个是.dnd文件，根据需要，可以转为系统发育树图，这个就不在今天的教程内了，有需要以后可以讲，-:)。
现在重点讲另一个软件，DnaMan。DNAMAN美国Lynnon Biosoft公司开发的高度集成化的分子生物学应用软件，几乎可完成所有日常核酸和蛋白质序列分析工作，包换多重序列对齐、PCR引物设计、限制性酶切分析、蛋白质分析、质粒绘图等。可往这里下载：
http://www.pharmnet.com.cn/conf/rjsj /action.cgi?f=page_1_&t=page_1_&id=98227
1，打开DnaMan,依次打开“文件/打开指定的/多重比对”，载入Clustal X比对后的.aln文件
2，点击options，参数设置，在这里，你可以设置每行显示的序列，是否显示一致序列，彩色或黑白等。
3，点击Output,输出为图形文件，这样子就大功告成了，如果还不满意，可以在参数设置进行微调，直到你满意为止。这里需要注意，每次输出图片都要命名为不同的文件名，好象不会覆盖，这个比较奇怪。深色部分表示完全匹配的碱基，浅色为部分匹配。
From：http://blog.sina.com.cn/u/1944457820
