（首先推荐public Library of Bioinformatics的《SAM格式》和《Bowtie2使用方法与参数详细介绍》两篇文章，有不足处希望大家提出）
1，简介：
文件后缀名:.sam
Bowtie2是现下最流行的短序列比对软件，SAM(Sequence Alignment/Map)格式是一种通用的比对格式，用来存储reads到参考序列的比对信息。
2，行、列、注释说明：
注释：以@开头的行
行：除注释外，每一行是一个read
列：
第一列：read name，read的名字通常包括测序平台等信息
eg.ILLUMINA-379DBF:1:1:3445:946#0/1
第二列：sum of flags，为flag的总和（整数）,flag取值见备注(3)
eg.16
第三列：RNAM，reference sequence name，实际上就是比对到参考序列上的染色体号。若是无法比对，则是*
eg.chr1
第四列：position，read比对到参考序列上，第一个碱基所在的位置。若是无法比对，则是0
eg.36576599
第五列：Mapping quality，比对的质量分数，越高说明该read比对到参考基因组上的位置越唯一。
eg.42
第六列：CIGAR值，碱基匹配上的碱基数。match/mismatch、insertion、deletion 对应字母 M、I、D
eg.36M 表示36个碱基在比对时完全匹配
注：第七列到第九列是mate(备注1)的信息，若是单末端测序这几列均无意义。
第七列：MRNM(chr)，mate的reference sequence name，实际上就是mate比对到的染色体号，若是没有mate，则是*
eg.*
第八列：mate position，mate比对到参考序列上的第一个碱基位置，若无mate,则为0
eg.0
第九列：ISIZE，Inferred fragment size.详见Illumina中paired end sequencing 和 mate pair sequencing，是负数，推测应该是两条read之间的间隔(待查证)，若无mate则为0
eg.0
第十列：Sequence，就是read的碱基序列，如果是比对到互补链上则对read进行了reverse completed
eg.CGTTTCTGTGGGTGATGGGCCTGAGGGGCGTTCTCN
第十一列：ASCII，read质量的ASCII编码。
eg.PY[[YY_______________QQQQbILKIGEFGKB
第十二列之后：Optional fields，以tab建分割。详见备注(2)
eg.AS:i:-1 XN:i:0 XM:i:1 XO:i:0 XG:i:0 NM:i:1 MD:Z:35T0 YT:Z:UU
扩展：
3，应用举例：
SAM文件可以作为很多后续分析的源文件，也可以从其中提取感兴趣的信息。
4，备注：
(1)mate，在Illuminated中有两种测序技术：paired end sequencing，mate pair sequencing。这两种测序都是测的一个片段的两端，这两端产生的reads被称为mate1，mate2，单末端测序则无mate。
(2)Optional fields：
(3)flag取值
0：比对到参考序列的正链上（待求证）
1：是paired-end或mate pair中的一条
2：双末端比对的一条
4：没有比对到参考序列上
8：是paired-end或mate pair中的一条，且无法比对到参考序列上
16：比对到参考序列的负链上
32：双末端reads的另一条（mate）比对到参考序列的负链上
64：这条read是mate 1
128：这条read是mate 2
5，参考文献
