安装BreakDancer总共需要完成以下三个软件的安装工作
- Perl
- Samtool
- BreakDancer Software
安装perl语言 （一般linux系统已经自带了）以及相关的package
下载额外的GD Graphics Library ( Download from CPAN )
- GD-1.18
- GDGraph-1.44
- GDGraph-histogram-1.1
- GDTextUtil-0.86
- Math-CDF-0.1
- Statistics-Descriptive-3.0100
安装Library(以GD-1.18为例, 详细内容可参考每个Library的Readme文件)
tar -zvxf GD-1.18.tar.gz
cd GD-1.18
perl Makefile.PL
make
make install
Samtool的安装方法
在之前我已经在这个网站上面介绍了Samtool的安装方法，可以参考https://www.plob.org/2011/03/06/6.html
将Samtool加入PATH
编辑home目录底下的.profile文件
在export PATH之前加入PATH="${PATH}:samtool文件夹的绝对路径"
以samtool资料夹绝对路径为/home/bioinfo/samtool为例修改.profile檔案
在export PATH之前加入PATH="${PATH}:/home/bioinfo/samtool"
BreakDancer
下载BreakDancer (download from BreakDancer Source Forge：http://breakdancer.sourceforge.net/)
breakdancer-1.1_2011_02_21.zip
解压
unzip breakdancer-1.1_2011_02_21.zip
安装BreakDancer
#进入breakdancer-1.1_2011_02_21/cpp文件夹
cd breakdancer-1.1_2011_02_21/cpp
#编译
make
使用流程
准备资料
Paired-end short read alignment data (*.bam)
检测流程（以现有的资料human.bam为例）
产生lst檔案
perl bam2cfg.pl human.bam > human.lst
检测Structural Variant
perl BreakDancerMax.pl human.lst > human.SV.output
检测Small InDel
perl BreakDancerMini.pl human.lst > human.InDel.output
