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【交流】甲基化:求重亚硫酸盐修饰后DNA碎裂的改进策略...

已解决 悬赏分:0 - 解决时间 2024-11-12 07:57
【交流】甲基化:求重亚硫酸盐修饰后DNA碎裂的改进策略
举报 2013-05-17 01:23
1、DNA被亚硫酸氢盐修饰后会成为单链,修饰以后的DNA肯定会比修饰之前的脆弱很多,但是不会影响你后面的试验,比如msp或者bsp。
2、目前的亚硫酸氢盐修饰的kit应该都很成熟,不会有多大问题。我之前用过Methylamp? DNA Modification Kit
(Base Catalog # P-1001),很好用啊。
举报 2013-05-11 04:28

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waterf21
本人甲基化菜鸟,最近用的EpiTect Bisulfite Kit(Qiagen)重亚硫酸盐试剂盒,修饰前OD260/OD280
测得值1.8左右,DNA浓度10-20ng/ul,修饰后测得DNA浓度20-30ng/ul,并且OD260/OD280
测得值大于3.0,考虑DNA碎裂,单核苷酸形成。
各位对下述问题有何建议:
1.怎样防止DNA碎裂(亚硫酸盐处理试验期间,DNA保护buffer有效 ) 。
2.什么公司的重亚硫酸盐修饰试剂盒处理后的DNA较 稳定,可以继续后续试验。
谢谢!

......

你好,想请教你几个问题:1、用EpiTect Bisulfite Kit 的最后一步,使用EB洗脱的,如果我想稀释,还是用EB吗?如果都用EN,那些EB试剂够用吗?2、修饰后浓度,吸光度值是不是都不准确了?那怎么确定浓度呢?吸光度值又能代表些什么呢?谢谢
举报 2013-05-08 22:43

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zhouxiaoyu1984
1、DNA被亚硫酸氢盐修饰后会成为单链,修饰以后的DNA肯定会比修饰之前的脆弱很多,但是不会影响你后面的试验,比如msp或者bsp。
2、目前的亚硫酸氢盐修饰的kit应该都很成熟,不会有多大问题。我之前用过Methylamp? DNA Modification Kit
(Base Catalog # P-1001),很好用啊。

......

真幸福啊,还有试剂盒用,我们都是自己配溶液。。
举报 2013-05-13 06:08
boy_87
真幸福啊,还有试剂盒用,我们都是自己配溶液。。
你们实验室是不是常规做这些技术,小量的做还是试剂方便吧
举报 2013-05-15 03:46

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zhouxiaoyu1984
1、DNA被亚硫酸氢盐修饰后会成为单链,修饰以后的DNA肯定会比修饰之前的脆弱很多,但是不会影响你后面的试验,比如msp或者bsp。
2、目前的亚硫酸氢盐修饰的kit应该都很成熟,不会有多大问题。我之前用过Methylamp? DNA Modification Kit
(Base Catalog # P-1001),很好用啊。

......


您好,我目前也在做MSP,修饰后的纯度只有1.3了,您得意思是不是说这个纯度不影响之后的扩增呢
举报 2013-05-14 18:50
曾曾绒毛球
您好,我目前也在做MSP,修饰后的纯度只有1.3了,您得意思是不是说这个纯度不影响之后的扩增呢
个人认为是不影响的,主要还是在于引物和酶。
举报 2013-05-16 18:31
waterf21
个人认为是不影响的,主要还是在于引物和酶。
您好,想再请教您一个问题。同一基因由不同人设计的甲基化引物,导致P出来的基因片段大小不同是对的吗
举报 2013-05-10 19:59
曾曾绒毛球
您好,想再请教您一个问题。同一基因由不同人设计的甲基化引物,导致P出来的基因片段大小不同是对的吗
是的。
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