环状RNA/lncRNA系统研究解决方案

                   汉恒生物-环状RNA及lncRNA研究专家
                                               
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环状RNA简介
      
       circRNAs（Circular RNAs，环形RNA分子）是一类不具有5' 末端帽子和3' 末端poly(A)尾巴、并以共价键形成环形
结构的非编码RNA分子。circRNA是区别于传统线性RNA的一类新型RNA，具有闭合环状结构，大量存在于真核转录
组中。大部分的环状RNA是由外显子序列构成，在不同的物种中具有保守性，同时存在组织及不同发育阶段的表达特
异性。由于环状RNA对核酸酶不敏感，所以比线性RNA更为稳定，这使得环状RNA在作为新型临床诊断标记物的开发
应用上具有明显优势。

       汉恒生物为表达环状RNA在慢病毒（Lentivirus）、腺病毒（Adenovirus）和腺相关病毒(Adeno associated
virus)等工具病毒载体上引入独家研发的基因环化表达框架，使环状RNA连入载体后能在体外高效率表达，并保证插
入的目的环状RNA片段正确环化。

             图1. 同一基因位置可以产生不同类型的环状RNA
 

环状RNA的功能

1. 环状RNA可以作为“sponge”海绵吸附miRNA，抑制其功能
2. circRNA通过碱基互补配对直接调控其他RNA水平
3. circRNA能与蛋白质结合，抑制蛋白质活性、募集蛋白质复合体的组分或调控蛋白质的活性

环状RNA病毒载体构建服务

 

 

pHBAd-ciR环状RNA腺病毒载体

 
 

pHBAd-ciR环状RNA慢病毒载体

 
 

pHBAd-ciR环状RNA腺相关病毒载体
 

汉恒提供环状RNA病毒载体产品

 

LncRNA简介

        LncRNA (Long noncoding RNAs, LncRNAs) 长链非编码RNA， 起初被认为是基因组转录的“噪音”，是RNA聚合酶
II转录的副产物，不具有生物学功能。然而，近年来的研究表明，LncRNA参与了X染色体沉默（图A），基因组印记以
及染色质修饰，转录激活（图B），转录干扰，核内运输等多种重要的调控过程，LncRNA的这些调控作用也开始引起
人们广泛的关注。

哺乳动物基因组序列中4%~9%的序列产生的转录本是LncRNA（相应的蛋白编码RNA的比例是1%），虽然近年
来关于LncRNA的研究进展迅猛，但是绝大部分LncRNA的功能仍不清楚，随着研究的推进，各类 LncRNA 的大量发
现，LncRNA 的研究将是 RNA 基因组研究非常吸引人的一个方向，使人们逐渐认识到基因组存在人类知之甚少的
“暗物质”。

                                              图A：LncRNA参与X染色体的沉默；    图B：LncRNA参与基因的转录激活。

服务介绍

汉恒生物的LncRNA专家团队可以为您提供从LncRNA筛选、验证，LncRNA的功能探索以及更深层次的靶点寻找和表达
调控机制探索等全方位的服务。

1. 差异性的LncRNA的筛选

A、生物信息学预测

根据客户提供的转录组信息、基因特征，通过与数据库（agilent_ncRNA、LncRNAdb、Gencode V13、H-invDB、UCSC_lincRNAsTranscripts等）比较，去除已知可能蛋白编码转录本、tRNA、rRNA、repeat等预测可能的LncRNA

B、高通量的表达谱芯片

C、新一代的测序

具有现代的DNA测序技术的快速测序速度已经有助于达到测序完整的DNA序列。通过逆转录法，将LncRNA逆转录
成cDNA，确定某一段序列，再通过RACE方法，确定已知序列的两端的序列。

2.生物信息学分析

根据高通量芯片数据，经过大型服务器处理，进行以下几项专业的生物信息学分析：

A、芯片数据预处理：对实验数据质量评估，预处理及均一化处理。

B、差异LncRNA和mRNA 的筛选：

图：差异LncRNA和mRNA 的筛选

C、聚类分析：针对芯片结果进行样本及差异表达LncRNA和mRNA的聚类，寻找属于同一表达趋势的基因或样本。

图：聚类分析

D、功能富集分析：差异基因，应用数据库进行功能富集分析，挖掘具有统计学意义的差异表达基因的功能类别。

图：功能富集分析聚类分析

E、LncRNA-mRNA/microRNA相关性分析：根据设定的阈值筛选LncRNA与mRNA/microRNA关系对，构建LncRNA-mRNA共表达网络。

图：LncRNA-mRNA/microRNA相关性分析

F、LncRNA靶基因预测：基于LncRNA与mRNA/miRNA表达相关性以及LncRNA与mRNA/microRNA基因组位置近邻关系，得到LncRNA的潜在靶标基因。以及通过网络数据库miR CODE、Cat RAPID等进行预测LncRNA可能调控的miRNA和基因。（个性化定制）

图：miRcode数据库

图：CatRAPID数据库

G、LncRNA功能分析：对于已知功能的LncRNA，我们对LncRNA进行功能标注。对于未知功能的LncRNA，我们预测其功能，并进行功能富集分析。（个性化定制）

3、LncRNA的功能研究

A、LncRNA的表达变化-汉恒生物独有高灵敏度LncRNA检测技术（LncPrimerTM）

通过汉恒生物独有高灵敏度LncRNA检测引物库（LncPrimerTM），利用QPCR、FISH技术，在各种细胞、动物模型中，检测LncRNA在细胞和组织水平的分布和变化。

B、Gain of  Function（体内和体外）

利用汉恒生物HanbioTM系列高效表达病毒载体（慢病毒、腺病毒等）全长过表达LncRNA

图：汉恒生物HanbioTM系列-高效过表达慢病毒和腺病毒载体

C、Loss of  Function（体内和体外）

◆ 合成片段siRNA；

◆ 汉恒生物HanbioTM系列高效表达病毒载体（慢病毒、腺病毒等）表达shRNA；

图：汉恒生物HanbioTM系列-高效下调慢病毒和腺病毒载体

◆ ASO（antisenseoligonucleotide，反义寡核苷酸），主要针对细胞核内的反义RNA起作用。

D、LncRNA沉默与定位分析(Combined knockdown and localization analysis of noncoding RNAs, c-KLAN)技术 

图：c-KLAN技术

4、LncRNA的调控机制研究 

A、表观遗传研究-DNA甲基化

利用MSP、BSP技术，研究LncRNA对DNA甲基化的调控。

B、表观遗传研究-染色质重塑

利用ChIP技术，研究LncRNA对染色质重塑的调控。

C、转录调控研究

通过EMSA、RIP（下图所示）、ChIRP、Co-IP等技术，研究LncRNA与转录因子间的相互作用。

图：RIP技术流程

技术优势

1.汉恒生物拥有由若干LncRNA研究专家组成的专业LncRNA研究团队，技术水平卓越，专注于LncRNA整体服务，可为您提供一体化的LncRNA系统研究方案；

2.汉恒生物已成功完成许多LncRNA项目，拥有成熟的LncRNA相关经验；

3.如需要详细的LncRNA课题/实验指导，欢迎登陆汉恒官网www.hanbio.net与汉恒生物的LncRNA专家交流探讨更多细胞功能学研究领域。直击以下链接通过QQ与我们的技术工程师一对一交流！

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