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GST Pull-down实验
定量蛋白质组学iTRAQ技术服务
ELISA检测
[VIP第1年] 指数:2
通过闵行区市场监督管理局认证 
iTRAQ定量蛋白质组学
蛋白质N-糖基化位点分
代谢组学（分析）服务
提供蛋白质谱鉴定服务
定量磷酸化蛋白质组分蛋白质的乙酰化修饰是在乙酰基转移酶的作用下，蛋白质的赖氨酸残基上添加乙酰基的过程，是细胞控制基因表达、蛋白质的活性或生理过程的一种机制。乙酰化修饰功能主要集中在对细胞染色体结构的影响以及对核内转录调控因子的激活方面 。近年来，通过高通量的蛋白质组研究和不同物种的代谢通路研究发现，在生理状况下，存在着大量非细胞核的蛋白质被乙酰化修饰，具有广泛的生物学意义。
- 乙酰化修饰普遍存在于人体的代谢酶之中，具有调节代谢通路及代谢酶的活性。
- 乙酰化对代谢的调控在生命进化过程中极为保守，广泛存在于从低等原核细胞到包括人在内的高等哺乳动物的翻译后修饰过程中。
- 蛋白质的乙酰化具有很高的功能特异性，与肿瘤等等疾病密切相关，这为开发代谢类疾病的药物研发提供了重要依据和全新思路。
◆ 分析流程
样品经Trypsin酶切，酶切产物由乙酰化特异性抗体(Cell Signaling Technology 13416S)进行乙酰化肽段的富集，富集后由高精度质谱Q Exactive（Thermo Scientific）分析，分析数据由生物信息学软件进行数据检索（图1）。
Figure 1. Workflow for identification of lysine acetylation sites
◆ 实例分析
- 样品
- Trypsin酶切
- 乙酰化肽段的富集
- 仪器
质谱仪：Q Exactive（Thermo Scientific，高性能四极杆的母离子选择性与高分辨的准确质量数（HR/AM）Orbitrap检测技术相结合，分辨率高达140,000）。(图2)
纳升级高效液相色谱：Easy nLC1000（Thermo Scientific）。(图2)
色谱柱：0.075MM*250MM (3μm RP-C18)
Trap柱：0.1MM*20MM (5μm RP-C18 Thermo scientific EASY column)
Figure 2. Easy nLC1000 and Q Exactive
- 数据分析
◆ 实验结果
- 鉴定结果
Figure 3. The MS/MS spectrum of the acetylated peptide
Table 1. Parameters for data analysis
Table 2. Identification of the acetylated peptides
- 乙酰化位点分析重复性
Figure 4. Venn Diagram of the three experiments
- 重复相关性分析（Pearson Correlation）
Figure 5. The mass spectra of basepeak in the six experiments
Figure 6. Pearson correlation of intensities of identified acetylated peptides in three experiments (A Group)
Figure 7. Pearson correlation of intensities of identified acetylated peptides in three experiments (B Group)
◆ 实验结论
- 取A组三次技术学重复对乙酰化位点重
- 82.53%的乙酰化肽段（1687 of 2044）出现在三次实验中。
- 采用MaxQuant软件分别对两组样品乙酰化肽段的强度进行分析，计算三次实验之间的pearson相关系数，R值均大于0.9。
- 总结：将乙酰化特异性抗体富集技术和高精度串联质谱技术相结合，可以进行大规模的蛋白质乙酰化位点的鉴定和定量分析，具有较好的重复性，在乙酰化蛋白质组学的研究中具有广阔的应用前景。
- Guo A, Gu H, et al. Immunoaffinity Enrichment and Mass Spectrometry Analysis of Protein Methylation. Mol Cell Proteomics. 2014; 13(1): 372-87.
- Tong Z, Kim MS, et al. Identification of Candidate Substrates for the Golgi Tul1 E3 Ligase Using Quantitative diGly Proteomic in Yeast. Mol Cell Proteomics. 2014; 13(11): 2871-82.
- Olsen JV, Blagoev B, et al. Global, in vivo, and site-specific phosphorylation dynamics in signaling networks. Cell. 2006; 127(3): 635-48.
- Cox J, Mann M. MaxQuant enables high peptide identification rates, individualized p.p.b.-range mass accuracies and proteome-wide protein quantification. Nat Biotechnol. 2008; 26(12): 1367-72.
- Lundby A, Secher A, et al. Quantitative maps of protein phosphorylation sites across 14 different rat organs and tissues. Nat Commun. 2012; 3: 876.
