提供商: | illumina |
服务名称: | 数字化基因表达谱测序(DGE)服务 |
技术优势
1、数字化信号:测序直接获得每个基因的特异表达标签序列,无背景噪音,无交叉杂交;可鉴别序列间单个碱基的差异;通过计数表达标签序列的数目来确定该基因的表达量,大大提高了定量分析的准确度;
2、高通量:一次测序得到1000万条以上的序列;
3、检测阈值宽:跨越6个数量级的宽检测阈值,从几个到数十万个拷贝精确计数;
4、良好的重复性:深度测序保证了抽样随机性,不同批次的表达谱度量准确,无需重复实验,能够更准确的进行差异表达分析;
5、定量更准确:使用RPKM方法计算基因表达水平。
样品要求
样品类型:去蛋白并进行DNase处理后的完整总RNA;
样品需求量(一次建库量):人、小鼠、大鼠样品:≥2 μg, 其他类型样品:≥2 μg ;
样品浓度:人、小鼠、大鼠样品:≥80 ng/μl,其他类型样品:≥200 ng/μl ;
样品纯度:动物样本:RIN ≥ 7.0,28S:18S≥1.0,植物样本:RIN ≥ 6.5,OD260/280≥1.8,OD260/230≥1.8,28S:18S≥1.0,昆虫样本无此要求。
参考文献
[1]Yu L, Chen X, Wang Z, et al. Arabidopsis Enhanced Drought Tolerance1/HOMEODOMAIN GLABROUS11 Confers Drought Tolerance in Transgenic Rice without Yield Penalty[J]. Plant Physiology, 2013, 162(3): 1378-1391.
[2] Qi X H, Xu X W, Lin X J, et al. Identification of differentially expressed genes in cucumber (Cucumis sativus L.) root under waterlogging stress by digital gene expression profile[J]. Genomics, 2012, 99(3): 160-168.
[3]Hideo Matsumura, et al. High-throughput superSAGE for digital gene expression analysis of multiple samples using next generation sequencing. PLoS ONE. 2010, August.Vol.5:e1 2010.