提供商: | Agilent/Affymetrix |
服务名称: | LncRNA (长链非编码RNA) 芯片检测服务 |
虽然越来越多的lncRNA被发现,但是人们现在了解到的lncRNA只是冰山一角,绝大部分的lncRNA的功能仍然是不清楚的。目前主要通过lncRNA芯片或新一代测序等方法对lncRNA进行功能研究。现阶段,基因芯片技术发展趋于成熟稳定,在此平台上,通过设计不同的lncRNA探针,可以更加快速、高通量地筛选出疾病或特定生物学过程中差异表达的lncRNA和mRNA信息,最终找到lncRNA的靶基因位点深入分析调控机制。
lncRNA 特征
- 结构特征:lncRNA长度大于200nt,具有mRNA样结构,部分具有poly(A)尾巴;
- 组织特异性:不同组织之间的lncRNA表达量不同;
- 时空特异性:同一组织或器官在不同生长阶段,其中的lncRNA表达量也会变化;
- 调控多样性:lncRNA可从染色质重塑、转录调控及转录后加工等多种层面实现对基因表达的调控;
- 亚细胞定位:lncRNA的亚细胞位置上也呈多样化,在细胞核、细胞质和细胞器均有分布;
- 疾病特征性:lncRNA在肿瘤与其它疾病中有特征性的表达方式。
芯片具体信息介绍
Agilent SurePrint G3 Human Gene Expression 8x60K v2.0 Microarray
该款芯片包含约30,000条Entrez Gene RNAs及约12,000条lncRNA。探针设计参照的数据库为:RefSeq Build 36.3、Ensemble Release 52、Unigene Build 216、GenBank (April 2009)。非编码RNA探针是Agilent和John Rinn 实验室(隶属于麻省理工学院-哈佛大学博德研究所)共同设计的。
Agilent SurePrint G3 Mouse Gene Expression 8x60K Microarray
该款芯片除涵盖39,430条Entrez Gene RNAs外,更涵盖16,251条lincRNA。探针设计参照的数据库为:RefSeq Build 37、Ensembl Release 55、Unigene Build 176、GenBank (April 2009);RIKEN 3。
Agilent SurePrint G3 Rat Gene Expression 8x60K Microarray v2.0
该款芯片除了涵盖30,003条Entrez Gene RNAs外,更涵盖了约10,000条lncRNA,数据来源于Ensembl、 RefSeq、Ultra-conserved region encoding LncRNA (UCR)、lncRNAdb、ncrna等多个权威公共数据库。
Affymetrix GeneChip® Human Transcriptome Array 2.0
Affymetrix最新开发的芯片,为您提供支持所有转录本异构体的全转录组分析。同时,针对超过40,000个非编码转录本的探针设计,还可帮助您对非编码RNA进行分析。数据来源于RefSeq、Ensembl、UCSC、MGC、NONCODE、lncRNAdb、Broad Institute、Human Body Map lincRNAs和TUCP catalog。
lncRNA 芯片服务特 色
信息最全最新: 覆盖了多个数据库最新lncRNA信息,涵盖lncRNA序列最全面;
- 物种丰富:目前已经有人、大鼠、小鼠和拟南芥的lncRNA芯片,其他物种可以定制芯片;
- 可同时检测lncRNA和mRNA: 包含美国国家生物技术信息中心 RefSeq 基因数据库中最新mRNA,可在一张芯片上同时对lncRNA和mRNA进行检测,挖掘二者之间的关联;
- 更深入的数据挖掘:与美国高校院所进行合作,深度挖掘lncRNA的功能机制;
- 完整的服务体系:还可提供lncRNA定量PCR服务,可对芯片结果进行验证。