货号: | CSA2-50 |
数量: | 大量 |
供应商: | 赛百盛 |
保存条件: | 4℃保存 |
SiMax II质粒DNA小量提取试剂盒使用说明
概 述
本实验方法的基本原理是,在高盐状态下,硅胶膜专一性地吸附DNA;而在低盐或水溶液状态下,DNA被洗脱下来。此法简便快捷,可在30分钟内同时提纯二十多个样品。从3~5ml培养过夜的含高拷贝质粒的菌液中可以获得10~20µg高纯度的质粒DNA,用于酶切、转化、DNA自动测序和手工测序等。试剂盒包装及组成
50次- 悬浮液(溶液I) 7ml
- 裂解液(溶液II) 10ml
- 中和液(溶液III) 10ml
- 结合液 25ml
- 洗脱液 2.5ml
- 离心纯化柱B 50套
- 产品说明书 1份
实验前注意事项
※溶液I最好于4℃保存,使用前移至室温,待试剂温度达到室温后再使用;其它试剂于室温保存。※室温低于25℃时,溶液可能出现结晶或盐析,此时请务必预热,使其完全溶解后使用。
用户自备的仪器及试剂
- 台式高速离心机
- 1.5ml或2ml林习惯及离心管架
- 100ul、1000ul移液器及吸头
- 80%异丙醇或80%乙醇
操作方法
1. 将3~5ml菌液13,000rpm离心30秒收集沉淀(菌体)。如果用1.5ml或2ml离心管则需反复离心2~3次。
2. 倒掉上清,将沉淀(菌体)完全悬浮于100µl悬浮液(溶液I)中。
上清要尽可能去除干净,可用滤纸吸干。沉淀要用混旋器完全悬浮,否则将直接导致下一步的裂解不彻底,进而影响质粒DNA的产量和纯度。
3. 加入150µl裂解液(溶液II),轻柔地颠倒混匀10次左右,溶液逐渐变得
粘稠、清亮。
不可用混旋器剧烈振荡,否则会使质粒DNA断裂;裂解时间不宜超过5分钟,否则会造成染色体DNA的污染。
4. 加入150µl中和液(溶液III),轻柔地颠倒混匀10次左右。
此时可见到白色絮状的染色体DNA及细菌碎片。
5. 13,000 rpm离心8~10分钟,将上清液小心转移入一个新的1.5ml离心管中,加入等体积(约400µl)的结合液,颠倒混匀。
6. 将混和液吸入离心纯化柱中,静置至少3分钟,13,000rpm离心30秒,倒掉收集管中的废液。
此步使处于高盐状态下的质粒DNA与硅胶膜结合后,离心去除杂质。
7. 将纯化柱重新套入废液收集管中,加入600µl 80%异丙醇(或80%乙醇),13,000 rpm离心1分钟,倒掉收集管中的废液。
如果纯化柱底部残留有异丙醇(或乙醇),可用滤纸吸干,否则将影响以后的酶促反应。此步是洗涤质粒DNA中混有的杂质及盐类。
8. 重复第7步一次,尽可能将杂质及残留的异丙醇或乙醇去除。
9. 取出纯化柱,将其套入一个干净的1.5ml离心管,开盖放置2~3分钟,使乙醇充分挥发干净。加入50µl 洗脱液(若用于测序,则加50µl超纯水)于硅胶膜上,不能粘在管壁上。室温下放置5分钟后,13,000rpm离心1分钟。
离心柱放入离心管中,若盖不上盖子,亦没有关系,可开盖离心。洗脱液或无菌超纯水的用量视用户对浓度的要求而定,但超纯水的洗脱效率不如专门的洗脱液。
10. 将洗脱液重新吸入纯化柱中,再洗脱一次。这样可以获得较高产量的质粒DNA。
11. 离心管中收集的液体即是洗脱下来的质粒DNA,取1~2µl电泳(0.8%琼脂糖,120V,15~20分钟)检测其纯度并目测定量。
若发现有RNA污染,可加入0.5µl RNaseA (10mg/ml),37℃保温30分钟。此操作不影响其后续实验。
补充说明
※如果起始菌液体积较大或收集的菌体较多,溶液I、II、III的用量及其它试剂可相应放大。但操作略有不同,需要时我们乐于提供帮助。※实验证明,少量的RNA污染对于酶切、转化及测序无明显的影响。
常见问题及参考意见
常见问题 | 可能原因 | 参考意见 | |
质粒产量低 | 细胞裂解不充分 | 减少培养物体积。对于高拷贝质粒,培养物体积不要超过5ml,低拷贝质粒培养物体积不要超过10ml | |
按比例增加溶液I与溶液II的体积,使菌体充分悬浮,然后完全裂解细胞 | |||
非转化细胞的大量生长 | 必须在选择条件下扩增质粒DNA | ||
定量不准确 | 通过琼脂糖凝胶电泳进行观察及定量 | ||
不合适的保存条件 | 将质粒DNA溶于无菌超纯水或TE中,于-20℃保存 | ||
菌液培养的时间过长 | 在新鲜的选择平板上挑选一个分隔良好的单菌落,于37℃振荡培养12~16小时 | ||
质粒的拷贝数太低 | 增加培养物体积,但不要超过10ml | ||
溶液II及结合液有结晶出现 | 将溶液II及结合液置于37℃温浴30min以上,使结晶完全溶解,且在使用前要充分混匀 | ||
洗脱温度过低 | 加入无菌超纯水或者洗脱液浸透硅胶膜后,于37~50℃温育2分钟 | ||
洗脱液pH<7.0 | 用TE或pH>7.0的无菌超纯水洗脱 | ||
洗脱液中没有质粒DNA | 质粒DNA漂出点样孔 | 增加甘油或蔗糖助沉 | |
质粒丢失 | 在新鲜的选择平板上挑选生长良好的单克隆进行细菌培养 | ||
对质粒DNA进行重新转化 | |||
杂菌污染 | 在选择平板上挑选生长正常的菌落进行摇菌 | ||
电泳时质粒呈现额外条带 | 开环质粒DNA及线状质粒DNA的存在 | 加入裂解液后,轻轻混匀,时间不要超过5min | |
可能存在缺失突变体 | 有些质粒如cosmids长期保存于E.coli中是不稳定的,在摇菌时应在选择平板上挑选新鲜的,分隔良好的单克隆 | ||
电泳时质粒呈现额外条带 | 存在质粒多聚体 | 单酶切后,质粒多聚体酶切为线状质粒DNA,可与染色体DNA的污染相区别 | |
存在变性的超螺旋质粒DNA | 加入裂解液(溶液II)后,碱裂解时间不要超过5分钟 |
RNA污染 | 菌体过量,导致RNaseA相对量不足 | 减少培养菌液的体积 |
溶液I放置时间超过6个月 | 于100µl溶液I中加入1µl RNaseA (10mg/ml)或于洗脱液中加入0.5µl RNaseA ,37℃温育30min以上 | |
染色体污染 | 混合操作过于剧烈 | 加入溶液II、溶液III之后,轻柔地颠倒混匀,不要剧烈振荡 |
裂解时间过长 | 裂解时间不要超过5分钟 | |
细菌培养期间,出现细胞裂解 | 菌液的培养时间不要超过12~16小时 | |
质粒DNA降解 | 核酸酶的存在 | 更换菌株,有些菌株,例如HB101、TG1、JM100等含有高水平的核酸内切酶活性 |
使用灭菌的玻璃及塑料制品 | ||
用无菌超纯水或TE洗脱质粒DNA | ||
质粒DNA在下游操作过程中出现问题 | 盐的浓度过高 | 用80%乙醇漂洗质粒DNA |
增加漂洗次数 | ||
缺口质粒DNA的存在 | 减少菌液培养的体积 | |
更换菌株,情况可能会变好 | ||
蛋白质未去除干净 | 检查菌液体积、培养基、菌株生长状况等 | |
增加漂洗液的体积及漂洗次数 | ||
残留有有机试剂 | 增加离心时间,将80%乙醇或异丙醇去除干净 |
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