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2、LSCM检测内容和应用范围非常广泛，以下仅简单介绍LSCM常用的检测内容及其荧光探针。
2.1．细胞内游离钙：共聚焦激光扫描显微镜常用的有Fluo-3、Rhod-1、Indo-1、Fura-2等，前两者为单波长激光探针，利用其单波长激发特点可直接测量细胞内Ca2+动态变化，为钙定性探针；后两者为双波长激发探针，利用其双波长激发特点和比率技术，能定量细胞内[Ca2+]，为钙定量探针。
2.2．DNA和RNA核酸的荧光探针：用于共聚焦激光扫描显微镜的主要有吖啶橙(Acridine Orange，AO)、碘化丙啶(Propidium Iodide，PI)。两种染料既可标记DNA又可标记RNA，如为获得单独的DNA或RNA分布，染色前可用RNA酶或DNA酶处理细胞。PI不能进入完整的细胞膜，故不能标记活细胞内的DNA和RNA。
2.3．膜电位：共聚焦激光扫描显微镜可利用荧光探针在细胞膜内外分布的差异测出膜电位，可以观察细胞膜电位的变化结果，还可以用于连续监测膜电位的迅速变化。膜电位荧光探针根据其对膜电位变化反应速度的快慢分为快、慢两类探针。DiBAC4(3)为最常用的膜电位荧光探针，为带负电荷的阴离子慢反应染料。该探针本身无荧光，当进入细胞与胞浆内的蛋白质结合后才发出荧光，测量时要求细胞浸在荧光染料中。当细胞内荧光强度增加即膜电位增加示细胞去极化；反之，细胞内荧光强度降低即膜电位降低示细胞超极化。Rhodamine 123主要用于线粒体膜电位测量，是一种亲脂性阳离子荧光探针，当线粒体膜内侧负电荷增多时，荧光强度增加。
2.4．pH值：正常细胞胞浆内的pH一般在6.8～7.4的范围，而某些细胞器如溶酶体的pH则在4.5～6.0之间。根据检测对象pH的不同将荧光探针分为用于偏中性和酸性两类。常用于偏中性pH即细胞胞浆pH检测的荧光探针有SNARF类(SNARF-1、SNARF-calcein)、SNAFL类(SNAFL-1、SNAFL-calcein)、BCECF等。
2.5．细胞内活性氧基：活性氧(active oxygen species)可影响细胞代谢，与蛋白质、核酸、脂类等发生反应，有些反应是有害的，因此测量活性氧在毒理学研究中有一定的意义。根据检测活性氧的不同可选择不同的荧光探针。常用荧光探针有Dichlorodihydrofluorescein diacetate（2，7-二氯二氢荧光素乙酰乙酸、H2DCFDA)，其原理是不发荧光的H2DCFDA进入细胞后能被存在的过氧化物、过氧化氢等氧化分解为二氯荧光黄（dichlorofluorescein，DCF)而产生荧光，其反应灵敏到10～12 mole水平，荧光强度与活性氧的浓度呈线性关系。
2.6．细胞间通讯：共聚焦激光扫描显微镜可采用荧光光漂白恢复(fluorescence recovery after photobleading，FRAP)技术检测细胞缝隙连接通讯，该方法的原理是一个细胞内的荧光分子被激光漂白或淬灭，失去发光能力。而临近未被漂白细胞中的荧光分子可通过缝隙连接扩散到已被漂白的细胞中，荧光可以逐渐恢复。由于光漂白过程是不可逆的，因此可通过观察已发生荧光漂白细胞其荧光恢复过程的变化量来判断细胞缝隙连接的通讯功能。采用FRAP技术检测细胞间通讯常用荧光探针是6-carboxyfluorescein diacetate(6-羧基荧光黄乙酰乙酸盐、CFDA)，需用其酯化形式CFDA-AM。
2.7．细胞膜流动性：采用荧光光漂白恢复(FRAP)技术还可对细胞膜流动性进行研究。利用NBD-C6-HPC荧光探针标记细胞膜磷脂，然后用高强度的激光束照射活细胞膜表面的某一区域(1～2μm)，使该区域的荧光淬灭或漂白，再用较弱的激光束照射该区域。可检测到细胞膜上其他地方未被漂白的荧光探针流动到漂白区域时的荧光重新分布情况。荧光恢复的速率和程度可提供有关的信息。
2.8．细胞亚微结构(细胞器探针)：共聚焦激光扫描显微镜可获得较分辨率高的细胞内线粒体、高尔基复合体、内质网、溶酶体等细胞器图像，同时还可动态观察活细胞状态下细胞器的形态学变化情况，此外还可通过光学切片即断层扫描技术进行三维重建，显示细胞器的空间关系及其变化。适用于线粒体的荧光探针较多，如Mitotracker、DA SPMI、DA SPEI、JC-1、罗丹明 123等。高尔基复合体常用的荧光探针有NBD 酰基鞘氨醇（ceramide）、BODIPY 酰基鞘氨醇。内质网主要用Dil、DiOC6(3)。溶酶体的荧光探针有DAMP、neutral red。
2.9．标记抗体、配体等常用的荧光探针：共聚焦激光扫描显微镜不仅可用免疫荧光分析固定的细胞或组织切片，还可用于分析活细胞，得到特异性抗体或其他荧光免疫探针识别靶分子的表达、定位、分布变化等信息。标记抗体、配体或蛋白质等较通用的有异硫氰酸荧光素(Fluorescein isothiocyanate，FITC)，在碱性条件下FITC的异硫氰酸基与免疫球蛋白的自由基经碳酰胺化而形成硫碳胺基键，成为标记荧光免疫球蛋白，即荧光抗体。一个IgG分子上最多能标记15～20个FITC分子。但FITC易产生光漂白现象，发射带较宽，故在用于双标记时会和其他染料的发射带重叠，且带负电荷，对pH值的变化较敏感，因而限制了其在活细胞检测中的应用。
2.10．检测酶活性的荧光探针：共聚焦激光扫描显微镜除了具备荧光显微镜检测荧光酶细胞化学的作用以外，在检测活细胞酶活性动态变化方面有着无可比拟的优势。通过对细胞施予不同的处理因素可检测细胞内相应的酶被激活或灭活的动态变化过程。有的酶荧光探针是自身就可发出荧光、有的是与酶结合后发出荧光、有的则是被酶分解后发出荧光。
