简介:
全基因组重亚硫酸盐测序(whole genome bisulfite Sequencing)是指通过重亚硫酸盐对基因组DNA进行处理,将未甲基化的C碱基转化为U碱基,而甲基化的C则不会改变,进行PCR扩增后U碱基会变成T,与原本具有甲基化修饰的C碱基区分开来,再结合高通量测序技术,可绘制单碱基分辨率的全基因组DNA甲基化图谱。特定物种的高精确度甲基化修饰模式的分析,必将在表观基因组学研究中具有里程碑式的意义,并为细胞分化、组织发育等基础机制研究,以及动植物育种、人类健康与疾病研究奠定基础。
推荐平台:Illumina Hiseq2000
信息分析流程图
1. 原始数据整理、过滤及质量评估
1.1 去接头及低质量序列过滤
1.2 测序质量评估
2. 甲基化基础信息分析:
2.1 测序序列与参考基因组比对;
2.2 测序深度和覆盖度分析:C碱基测序有效深度分布以及覆盖度统计;
2.3 全基因组胞嘧啶甲基化水平评估:C、CpG、CHG和CHH平均甲基化水平,CpG、CHG和CHH中的所有C碱基的甲基化水平;
3. 甲基化高级信息分析:
3.1 甲基化C碱基中CG、CHG和CHH的分布比例
3.2 各条染色体、不同基因区域和不同基因元件区域中CG、CHG和CHH中C的甲基化水平;
3.3 CHG和CHH中甲基化胞嘧啶附近9 bp的序列特征分析;
3.4 全基因组甲基化图谱:染色体水平的甲基化胞嘧啶密度分布,不同基因组区域和转录元件中的DNA甲基化水平;
3.5 差异性甲基化区域筛选(DMR);
3.6 差异甲基化位点或区段的CpG岛注释和基因注释。
1. 样品质量要求:OD 260/280值应在1.8~2.0 之间。电泳检测无明显RNA污染,基因组条带清晰、完整,无降解。
2. 样品浓度要求:浓度≥100ng/ul;总量不低于20 ug。
3. 请仔细填写DNA样品信息表,提供DNA样品编号、数量、浓度、体积、制备时间、溶剂名称及物种来源。并且请同时提供质量检测相关数据和图片,包括分光光度、电泳胶图或Nanodrop仪器检测数据。
4. 样品包装:对DNA样品,我们建议使用1.5ml离心管装载样品,并且用封口膜密封。并请在各样品管上做好清楚的标识,最好写在标签纸上,贴在管壁。
5. 样品运输:DNA样品请用干冰或者冰袋运输。干冰运输时间不要超过72小时;冰袋运输,时间最好不要超过24小时。
1. 高分辨率和准确度:单碱基精确度,精确分析每一个C碱基的甲基化状态。
2. 高覆盖度:在全基因组水平上最大限度的获取完整的甲基化信息,精确绘制全基因组甲基化图谱。
1. 基础研究:癌症、发育生物学、干细胞分化
2. 医药:DNA甲基化转移酶抑制剂
3. 临床诊断检测:肿瘤早期检测、肿瘤分类、分级