Pyrosequencing甲基化检测服务
焦***酸测序技术(Pyrosequencing)作为一种新的序列分析技术,能够快速地检测甲基化的频率,对样品中的甲基化位点进行定性及定量检测,为甲基化研究提供了新的途径。上海伯豪为您提供基于QIAGEN公司焦***酸测序平台的服务。
一、焦***酸测序技术原理
焦***酸测序技术是由4种酶(DNA 聚合酶、ATP硫酸化酶、荧光素酶和三***酸腺苷双***酸酶)催化的同一反应体系中的酶级联化学发光反应。具体过程如下:1.仪器向待检测样品中每次只加入一个核苷酸碱基(dNTP) 2.互补的碱基结合在模板上时,会释放出焦***酸基团Pyrophosphate (PPi) 3.PPi在ATP硫酸化酶(ATP Sulfurylase)作用下,合成ATP,ATP作为能量分子,驱动荧光素在荧光素酶(Luciferase)的催化下转化为氧化荧光素,并发出与ATP能量成正比的荧光信号 4.信号被CCD数码相机捕捉,形成峰形PyrogramTM 5.未与模板结合的碱基将被三***酸腺苷双***酸酶(Apyrase)降解 6.加入下一种dNTP
二、焦***酸测序实验流程
三、焦***酸测序在DNA甲基化中的应用 1.基因组整体水平的甲基化检测 2.特异位点的甲基化检测 3.寻找新的甲基化位点
四、焦***酸测序结果展示
五、案例分析焦***酸测序检测宫颈癌中UTF1启动子区域甲基化水平
研究者利用Illumina HumanMethylation27芯片对9例样本(4例正常,5例宫颈癌)进行全基因组启动子区甲基化扫描,结果显示宫颈癌患者UTF1启动子区域呈现出高的甲基化状态。为了验证芯片筛选的结果,采用焦***酸测序方法首先对这些样本的UTF1启动子区域进行深入分析,结果表明正常宫颈中UTF1启动子区域呈现低甲基化状态,而相同的位点在SCC中呈现高甲基化状态。为了进一步验证,研究者扩大样本量,对47例不同类型的石蜡包埋组织样本及10例白细胞进行焦***酸测序检测,与之前的结论保持一致。结合RNA水平和蛋白水平的实验,研究者最后提出UTF1启动子甲基化状态可以作为宫颈癌诊断的一个重要的分子标志物。原文:Aberrant Promoter Methylation and Expression of UTF1 during Cervical Carcinogenesi. Plos One. 2012 ,7(8):e42704.