PacBio DNA甲基化测序服务

国家人类基因组南方研究中心拥有亚洲首台PacBio RS II系统，是美国Pacific Bioscience公司认证示范实验室。是中国首家成功构建20kb文库实验室。2014年度起，携手上海伯豪生物技术有限公司，对国内外用户提供PacBio RSII测序服务。

PacBio可以直接读出多种碱基修饰，包括A的甲基化、C的甲基化、C的羟甲基化等，所以PacBio在碱基修饰研究中，有着独特的优势。该平台进行过芽孢杆菌等的全基因组甲基化测序。

一、PacBio测序进行DNA甲基化研究

SMRT技术采用的是对DNA聚合酶的工作状态进行实时监测的方法，聚合酶合成每一个碱基，都有一个时间段，而当模板碱基带有修饰时，聚合酶会慢下来，使带有修饰的碱基两个相邻的脉冲峰之间的距离和参考序列的距离之间的比值如果大于1，由此就可以推断这个位置有修饰。甲基化研究中关于5-mC和5-hmC（5mC的羟基化形式）是甲基化研究中的热点。但现有的测序方法无法区分5-mC和5-hmC。美国芝加哥大学利用SMRT测序技术和5-hmC的选择性化学标记方法来高通量检测5-hmC。通过聚合酶动力学提供的信息，可直接检测到DNA甲基化，包括N6甲基腺嘌呤、5-mC和5-hmC，为表观遗传学研究打开了一条通路。

二、 PacBio RS系统检测修饰碱基的优势在于：

1.分辨率可达到1个碱基，可适用于多种碱基修饰的检测；

2.读数较长；3.无需双链DNA扩增，起始模板量要求低（500bp文库的起始模板量最低只要250ng），可检测到DNA链上的特定修饰，比如半甲基化；4.通过测序动力学效应可测定未知的修饰。

三、Pacbio RS II 测序平台的特点：

测序快速：48小时内完成文库构建和测序。序列超长：平均读长可达7.9 kb，最大读长可达32 kb（20kb文库,P5+C3）。精度极高：>99.999%。代表性好：无明显GC或AT偏好。方式灵活：1-16个SMRT CELL测序可灵活安排。多重样本：已建立BarCode建库体系，多个样本同时测序。单分子测序：文库构建过程中无PCR扩增，可检测到罕见突变。实时测序：测序过程中可直接获得碱基修饰信息。 Gap 数少：基因组<3M的样品，gap数0-10个。应用广泛：真核和原核基因组、PCR产物、全长cDNA测序，全基因组甲基化等测序。

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