单个蛋白质身份鉴定是生物化学领域非常常见的问题,目前有两大方***:Edman降解法和质谱方法。质谱方法又细分为两大类型:MALDI-TOF和LC-MS/MS。但是,主流文献中的方法都是LC-MS/MS(首选AB SCIEX的5600-plus或者thermo公司的orbitrap类型的质谱仪),LC-MS/MS具有更高的灵敏度和几乎100%的可靠性,且具有MALDI-TOF不可比拟的从单一蛋白质胶带中准确鉴定出多个蛋白质组分的能力。
武汉华美采用AB SCIEX的5600-plus质谱平台,可提供以下技术服务:
1 胶内酶解和质谱鉴定
蛋白质组学研究中,常用双向电泳(Two-dimensional gel electrophoresis,2-DE)分离蛋白质混合物,收集目的蛋白质斑点,经胶内酶解后用于质谱分析以获得蛋白质信息。该分离鉴定方法是目前使用最广泛的蛋白质组学研究手段。
武汉华美对胶内酶解法进行优化,可显著提高蛋白质胶内酶解的质谱鉴定成功率和肽段覆盖率。
图:单个蛋白质的鉴定流程图(基于SDS-PAGE的胶点鉴定)。
2 单一蛋白质***酸化修饰位点鉴定
蛋白质翻译后修饰对细胞的调控机制起着重要的作用,能够影响蛋白的多种属性,包括蛋白质折叠、活性以及最终的功能,对于蛋白质修饰位点的发现及研究对阐明蛋白质的功能具有重要作用。
武汉华美可提供单一蛋白质的***酸化鉴定技术服务,通过TiO2或IMAC富集***酸化肽段,5600-plus质谱检测,利用得到的质谱谱图与相应数据库搜索比较,从而得到肽段序列结果,同时通过生物信息软件计算出***酸化位点。TiO2或IMAC富集的方法要显著优于体外kinase和multiple recombinant substrate体外反应后通过***性检测,具备时间快、***酸化位点识别准确等优点。
图:TiO2或者IMAC富集***酸化流程图。
3 单一蛋白质的NH2测序
几乎所有的蛋白合成都起始于N-端,蛋白质N-端的序列组成对于蛋白质整体的生物学功能有着巨大的影响力,对蛋白进行N-端测序分析,有利于帮助分析蛋白质的高级结构,揭示蛋白质的生物学功能。
N端测序一般采用Edman 降解法和质谱法,但Edman不能解决N端封闭肽的测序问题。武汉华美采用质谱法进行N-端测序,可以测出封闭的或修饰的蛋白质末端,所需样品量少、速度快。
4 单一蛋白质的COOH测序
C端序列是蛋白质和多肽的重要结构与功能部位,对蛋白质的生物功能甚至起决定性作用。此外,由于蛋白翻译后在细胞内需要进一步剪切和修饰,通常不能简单的使用基因序列对C-端或N端做简单的预测,对于蛋白生物制品来说,使用C-端测序必不可少。
蛋白质C端测序有3种方法:羧肽酶法、化学法及串联质谱法。目前使用较多的是利用串联质谱法,其原理为利用蛋白质在质谱中会有规律的破碎,获得蛋白质肽段的碎片,分析图谱得到蛋白质的C-端序列。武汉华美采用串联质谱法进行C-端测序。
5 单一蛋白质的互作蛋白质的发现
蛋白质之间的相互作用是许多重要的生物功能、生物过程的基础,如信号传导、蛋白复合物、蛋白修饰等。武汉华美提供单一蛋白互做蛋白质发现的全套服务,服务流程如下: