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真核转录组测序

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中国浙江台州市
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2021-05-31 01:30:04
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产品详情

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概述

转录组是连接基因组遗传信息与生物功能的必然纽带。真核mRNA测序是基于HiSeq平台,对真核生物特定组织或细胞在某个时期转录出来的所有mRNA进行测序。既可研究已知基因,亦能发掘新基因,全面快速获得mRNA序列和丰度信息。还用于研究基因结构和基因功能、可变剪接和新转录本预测等。转录组研究已经成为揭示生物生长发育调控、逆境胁迫和抗病反应机制的最佳研究手段。真核mRNA测序方法可分为:有参考转录组、无参考转录组及数字基因表达谱(DGE)三大类。

应用

1、环境转录组学;2、发育转录组;3、遗传转录组;4、比较转录组;5、互做转录组学。

技术流程

样本要求

样本类型:去蛋白并经过Dnase处理的总RNA;

RNA样本量:≥5.0 μg

RNA浓度: ≥200 ng/μL

RNA纯度: OD260/280=1.8-2.2OD260/230 ≥2.0

动物样本:RIN ≥7.0植物样本:RIN ≥6.528S18S ≥1.0

策略

常见问题

Q 转录组测序的技术重复性很高,那是否还有必要设生物学重复?

有必要,至少需要两次生物学重复,3次以上的生物学重复更好。20117Hansen发表的文章表明生物学差异是基因自身表达的特性,与检测技术的选择以及数据处理的方式无关。如果不设生物学重复,高影响因子的杂志可能会因此而拒稿。

Q 转录组测序详细的样本要求是怎样的?

合格

不合格(建库有风险)

RNA

1. OD260/2801.8 2. 28S/18S1 (植物参考25S/18S;原核参考23S/16S;特殊样品只有18S可不参考) 真核:总量≧1μg(单次建库),浓度≧50ng/μl 原核:总量≧3μg(单次建库),浓度≧65ng/μl 植物、真菌 RIN值≧6.5 动物 RIN值≧7.0 原核 RIN值≧6.0 (特殊物种,如没有28S,可以不参考,但Agilent 2100 图的基线要平整,RIN值最好可以达到7.0

N/A  真核:总量 <1μ原核:总量 <3μg RIN <7.0

注:1、如果样品OD值未达到要求:可能影响转录组建库时磁珠分离mRNA及反转录效率;可能对基因定量和文库随机性有轻微影响,导致duplication比例高。      

2、基因组注释:基因预测、功能基因注释(与NtNrSwiss-ProtInterpro等数据进行同源比对)、重复序列分析及Non-coding RNA注释等。       

3、基因功能分析:包括GO富集分析、KEGG通路分析等。       

4、比较基因组学及进化分析:通过比较相近物种的基因组数据,从基因功能、基因组骨架结构、分子进化等方面对目标物种基因组进行深入分析)。

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