点击图片查看原图
耐黄变试验机/鞋底耐黄试验箱
Donkey anti-Rabbit IgG H&L (DyLight
IKK-2 Inhibitor XI
全基因组denovo测序
泛基因组测序
small RNA测序
单细胞测序
真核转录组测序
原核转录组测序
circRNA概述
全基因组Survey 分析是指对于没有基因组参考序列的物种，正式启动基因组项目前，基于小片段文库的低深度测序数据，通过K-mer分析，可有效评估基因组大小、GC含量、杂合度高低及重复序列含量等信息。
应用
1.是进行全基因组测序的基础和前提，为后续全基因组de novo测序及组装策略的制定提供依据；
2.通过基因组Survey分析，可对基因组进行初步组装，然后进行SSR标记开发及同源注释等高级分析。
技术流程
样本要求
样本类型：无降解，无RNA污染的DNA样品
样本总量：≥2 μg DNA
样本浓度：≥30 ng/μl
样本纯度：OD260/280=1.8~2.0
策略
测序平台:HiSeqPE150
文库：小片段文库
测序深度
50X
常见问题
Q 做全基因组survey有什么意义?
通过 Survey 可以知道基因组大小、GC 含量及重复序列等情况,为后续测序、组装研究提供指导。Survey 一般建 500bp 小片段文库，测 50X，这些数据是不会浪费的，可以用于后期组装。
Q 全基因组survey结果展示中对全基因组大小预估是怎样的？
mer深度分布服从泊松分布，根据曲线获得K-mer深度期望值，用于估计基因组大小。一般来说我们会选择K-mer分布最多的峰为主峰，主峰所对应的深度值为K-mer深度期望值。基因组大小=K-mer总数/K-mer期望深度值。如下表示例：
