LNCRNA测序产品概述
lncRNA(long noncoding RNA)是长度超过 200 nt的长链非编码 RNA,通过与DNA、RNA或蛋白质结合,在表观遗传、转录及转录后等水平调控基因表达,与人类疾病发生发展有密切联系。lncRNAs通常较长,具有mRNA样结构,经过剪接,具有polyA尾巴与启动子结构,分化过程中有动态的表达与不同的剪接方式。LncRNA-seq主要分析研究细胞或组织在某个特定时期转录出的所有 lncRNA 和 mRNA。
应用领域
1、在转录和转录后水平,表观遗传水平调控基因表达
2、X染色体沉默、基因组印记研究
3、大规模种质资源鉴定
4、细胞分化、个体发育等发育生物学领域
测序策略
样本寄送
Total RNA或者组织样本必须采用干冰进行运输,确保样本到达实验室时仍有干冰剩余,否则严重影响RNA质量。
样本要求
样本类型:完整且无污染的Total RNA;
Total RNA需求量:人,小鼠,大鼠样品Total RNA ≥ 2.0 μg;真核植物样本(跟、茎叶、花种子)样品TotalRNA ≥ 5.0 μg
RNA浓度: ≥200 ng/μL;
RNA纯度:OD260/280=1.8-2.2,OD260/230 ≥2.0;动物样本:RIN ≥7.0,植物样本:RIN ≥6.5,28S:18S ≥1.0
样本纯度:OD260/280=1.8~2.0;
技术流程
常见问题
Q 长链非编码RNA是什么,以及它们的作用?
哺乳动物基因组序列的约5%~10%被稳定转录,蛋白质编码基因仅约占1%,其余4%~9%的序列都转录为非编码RNA。而非编码RNA(non-coding RNA) 是指不能翻译为蛋白的功能性RNA分子。长链非编码RNA为这4%~9%中长度大于200nt的非编码RNA。它们的作用主要体现在四个方面:第一,影响周边基因的表达;第二,调控蛋白质活动及定位;第三,产生小分子RNA;第四,对其他RNA的调控作用。
Q LncRNA有什么特征表现?
1、lncRNA通常较长,具有mRNA样结构,有些具有poly(A)尾巴,有些没有poly(A)尾巴,分化过程中有动态的表达与不同的剪接方式,与编码基因相比,lncRNA表达量更低。
2、组织特异性:不同组织之间的lncRNA表达量不同。
3、时空特异性:同一组织或器官的不同生长阶段,其中的lncRNA表达量也会变化。
4、ncRNA启动子同样可以结合转录因子,如Oct3/4,Nanog,CREB,Sp1,c-myc,Sox2与p53,局部染色质组蛋白同样具有特征性的修饰方式与结构特征。
5、大多数的lncRNA在组织分化发育过程中,都具有明显的时空表达特异性,如有人针对小鼠的1300个lncRNA进行研究,发现在脑组织中的不同部位,lncRNA具有不同的表达模式。
6、在肿瘤与其他疾病中有特征性的表达方式。