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生物芯片诊断系统
荧光定量PCR
circRNA高通量测序实验
[VIP第1年] 指数:3
通过北京市工商行政管理局朝阳分局认证 
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罗氏公司（Roche）蛋| 提供商： | 嘉美实验 |
| 服务名称： | 芯片类检测：DNA 羟甲基化芯片（hMeDIP-Chip）定制检测服务 |
实验技术简介：DNA 羟甲基化是一种重要的表观遗传修饰，对基因的表达起调控作用，在神经分化和癌症中发挥重要的作用。这种新的DNA甲基化修饰形式—5羟甲基胞嘧啶修饰在哺 乳动物细胞组织广泛存在。这种羟甲基化修饰被认为是双加氧酶家族TET通过氧化5甲基化胞嘧啶形成的。为深入了解5hmC的作用，我们就必须清楚5hmC 在基因组的分布情况。然而，传统的基于重亚硫酸盐的方法无法区分5-hmC和5-mc。5-hmC单克隆抗体捕获法是研究DNA羟基化修饰的利器，结合芯 片技术以及生物信息分析，可以获得全基因组羟甲基化分布图，从而能帮助我们从一个新的角度来解析胚胎发育，神经细胞分化以及癌症发生的分子机制。
实验操作流程：
1、超声打断基因组
将基因组DNA超声打断成400bp-500bpDNA片段
2、羟甲基化DNA免疫共沉淀
a) 加热变性并将变性后的单链DNA样品分成两份
b) 其中一份单链DNA样品加入抗5’-羟甲基化胞嘧啶核苷抗体
c) 用免疫磁珠法分离b步样品中5’羟甲基化DNA片段的抗体复合物，样品中其余的非甲基化DNA片段被清洗掉
d) 纯化免疫共沉淀的DNA片段（hMeDIP）
e）评估免疫共沉淀的富集效率
3、hMeDIP与 Input DNA片段线性扩增
使用Sigma WGA Kit对上述两份DNA片段（hMeDIP 与 Input）进行扩增。该步骤使检测的灵敏度得到大幅度提升，用微量的检测样品就能得到精确的检测结果
4、荧光标记
对hMeDIP(Cy5)与Input(Cy3)样品分别进行标记
5、芯片杂交
标记后的hMeDIP与Input样品混合、变性，与甲基化微阵列检测芯片杂交
6、图像采集和数据分析
用高解析度芯片扫描仪检测杂交信号；用专业商用分析软件对杂交结果进行数据提取、标准化、峰值分析、报告
7、提供实验报告 包括详细的实验方法和芯片实验数据和图表
Scanning Image：Cy3、Cy5荧光扫描图像
Raw Data：包括每个探针的荧光信号强度原始数据
Probe Report：经过校正得到每个探针的log2(hMeDIP/input)值以及p-value值。
log2(hMeDIP/input) 值代表每个探针在hMeDIP DNA和input DNA中的相对富集强度, P-Value表示探针红绿信号差异是由非生物因素造成的概率；P-Value越低，表示该探针越有可能代表一个甲基化事件，P-Value由修正的KS 检验算法计算
Peaks Report：Peaks代表可能的DNA羟甲基化区域，由专业商用软件计算，报告包括可能的Peaks的染色体定位信息以及Peaks周围的基因和CpG岛的相关信息
Summary Report: 提供多样本之间Peaks区域的比较以及汇总以提供参考
8、Differential Enrichment Peaks（Advanced Analysis）
Differential Enrichment Peaks（DEP）利用重复组中多样本log2ratio的平均值分析组间差异甲基化区域，从而使得用重复样本实验数据进行甲基化结果的比较及差异甲基化区域的鉴定成为可能，这对于后续实验及分析是非常重要的。
实验注意事项：
客户提供：
1、实验对象为组织样品，取适量（50-100mg）新鲜组织样品或正确保存的组织样品，使用BioPulverizerTM冰冻粉碎组织，加1ml的 RNA抽提试剂TRIzol（Invitrogen），使用Mini-Bead-Beater-16匀浆后抽提RNA。
2、实验对象为细胞样品，每份样品取1×106～1×107细胞，加1ml的RNA抽提试剂TRIzol（样品为贴壁细胞，每10cm2培养皿TRIzol使用量为1ml），裂解后抽提RNA。
交付标准：
1、芯片检测数据
2、完整的实验操作规程、实验报告（含软件分析结果）以及实验材料。
Tel：010-57425721/57425722 Fax：010-80780672
E-mail：lab-manager@jiamay.com
Web：www.jiamay.com.cn www.jiamay.com
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