提供商: | 嘉美实验 |
服务名称: | 测序类服务:microRNA 测序技术服务 |
实验技术简介:microRNA是一类大 小为21-23nt的非编码小RNA分子,通过沉默或降解其靶点mRNA分子调控基因表达。大量研究表明,microRNA在正常发育过程以及疾病发生过 程中具有重要的作用,在诊断和治疗领域具有光明的应用前景。然而目前研究microRNA的方法主要是通过实时定量PCR以及基因芯片技术,这些方法主要 关注microRNA的表达与定量,并仅局限于研究那些序列信息或二级茎环结构信息已知的microRNA,无法寻找和发现新的microRNA分子。
基于Illumina高通量测序平台的microRNA测序技术突破了目前研究技术手段上的局限性,不但可以检测 microRNA表达差异,而且可以研究 microRNA的3’异质性,众多的isomiR(microRNA异构体),以及未发现的新的microRNA,为更加灵活、深入研究 microRNA提供解决方案。
实验操作流程:
1、样品RNA准备
2、测序文库构建
PAGE胶纯化特定大小的microRNA分子
连接5’RNA接头
连接3’RNA接头
逆转录反应获得cDNA测序文库
高保真聚合酶扩增构建的测序文库
3、DNA成簇(Cluster)扩增
4、高通量测序(Illumina Genome Analyzer IIx)
5、数据分析
原始数据读取
使用公用microRNA数据库注释已知microRNA
深层次数据分析
6、提供实验报告
原始数据报告(Fasta-Q格式),包含所有测序序列信息,碱基读取质量评估
基本数据分析报告(Excel表格),包含有效序列的序列信息、与参考基因组比对后的注释信息等
高级数据分析(应客户要求定制),如使用已知数据库注释已知microRNA及分析不同样本间表达水平差异,使用已知数据库鉴别rRNA,tRNA,snRNA,snoRNA并预测新的microRNA,预测microRNA的靶点基因。
实验注意事项:
客户提供:
1、样品量:细胞样品请提供至少5×106个细胞,组织样品请提供至少100mg的组织块或切片。DNA样品请提供2μg以上的基因组DNA。
2、样品质量:DNA无明显降解,OD260/280值在1.7~1.9之间,浓度≥ 50ng/μl。
3、样品保存:细胞样品或新鲜组织块(切成~50mg的小块)用液氮速冻后,-80℃保存。DNA样品可溶于的超纯水或TE(PH8.0)中,-20℃短期保存或者-80℃长期保存。样品保存期间避免反复冻融。
4、样品运输:细胞或组织样品置于1.5 ml管中,封口膜封好,干冰运输。DNA样本放离心管或者PCR板中,密封后,冰袋运输。
5、目的基因或转录因子的相关背景资料。
交付标准:
1、提供实验报告原始数据报告Fasta-Q格式包含所有测序序列信息碱基
2、读取质量评估基本数据分析报告Excel表格包含有效序列的序列信息、与参考基因组比对后的注释信息等。
Tel:010-57425721/57425722 Fax:010-80780672
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