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与植物和动物代谢组学相比，微生物在生长培养基中浓度较低，具有低浓度代谢物难于检测，胞内和胞外代谢物不易分离等特点。微生物代谢组学主要进行胞内代谢物的分析，由于细胞内的酶系活跃、代谢物转换迅速,因此取样和样品制备的方法会显著影响分析结果的准确性和重复性。
灭活过程中如何保持细胞的完整性, 防止胞内代谢物的泄漏, 以正确反映微生物细胞的生理状态, 是微生物代谢组学研究的关键。目前还没有通用的微生物淬灭和代谢物提取的方法，根据不同的微生物特性选择合适的淬灭方法在微生物代谢组学研究中非常重要。
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