在人的基因组中,只有2%碱基用于编码蛋白,而有72%的碱基是可以转录的,因此ncRNA的存在有很大的空间。然而这些不编码蛋白的RNA(ncRNA)有什么作用呢?近些年,研究者们主要将目光聚集在短的ncRNA(miRNA)上,已经发现了数千个miRNA,其主要功能是调节基因的表达。但是我们不能忽视更长一些的也具有重要功能的long ncRNA。Long ncRNA (lncRNA) 是一类转录本长度超过200nt的RNA,它们本身并不编码蛋白,而是以RNA的形式在多种层面上调控基因的表达水平,已知作用则包括基因沉默、基因印记和反义抑制。随着近年来lncRNA不断被发现,人们开始关注LncRNA在各种生物学过程以及疾病中所起到的作用。通过lncRNA芯片,研究人员能够快速高通量的获得与特定生物学过程或者疾病相关的LncRNA的表达变化。一、技术路线和方法:二、生物信息学分析2.1 基本数据分析Part01:原始数据预处理与均一化Part02:差异lncRNA筛选Part03:聚类分析(层次聚类)Part04:差异lncRNA靶基因预测Part05:靶基因GO分类Part06:靶基因Pathway分析2.2 高级数据分析Part08:差异lncRNA转录因子结合位点分析Part09:差异lncRNA与靶基因调控网络Part10:转录因子、lncRNA、靶基因互作网络Part11:目标基因反向预测lncRNAPart12:lncRNA引物设计三、芯片平台
芯片平台 (Human) | 型号 | lncRNAlincRNA数量 | 规格 | 货号 |
Agilent | SurePrint G3 Human Gene Expression 8x60K | 7419条lincRNA | 8×60K | BT1000311 |
27958条mRNA |
芯片平台 (Mouse) | 型号 | lncRNAlincRNA 数量 | 规格 | 货号 |
Agilent | SurePrint G3 Mouse Gene Expression 8x60K | 16251条lincRNA | 8×60K | BT1000321 |
39430条mRNA |
五、完成时间2个月,(其中生物信息分析1个月)所有版权及解释权归BIOTREE公司所有!