BioNumerics7.5

Applied Maths公司隆重推出了BioNumerics7.5版本。BioNumerics7.5主要的新功能包括修改了MLVA插件，计算引擎提供云计算的功能，以及全新的全基因组MLST插件；进一步增强了软件本身的性能和存储量，以及更便捷的输出功能。此外，我们现在提供了分析特征类型实验子文件、指纹和光谱实验类型、在比较窗口链接条目功能。如果你的兴趣被激发了，请参阅下面的更详细的概述。

7.5新功能

一般功能

1.      该软件在64bit Windows上运行，大大提高了速度和性能。

2.      新植入的基于SQLite数据库引擎文件，使得数据库容量最高可达32TB。

3.      用更专业的数据库，从MS Access方便数据迁移连接新数据库，避免了访问2GB存储限制的问题。

4.      新的预览选项能够快速导入模板和解析数据。

5.      最近使用过的导入程序方便地组合在一起，便于访问。

6.      大大增强了对图形内容导出选项，直接输出TIFF，PNG，PDF，SVG等格式文件成为可能。

7.      BioNumerics数据库之间更方便、更灵活的数据交换。

8.      一键式工具被应用在快速启动所选项目。

9.      “不要再显示此消息”逻辑避免了多余信息的确认显示。

10.   反馈用户需求：新增选择条目置顶的功能（键盘快捷键Ctrl+T）。

指纹图谱分析

凝胶图谱编辑

能够导入12-bit的TIFF凝胶图。

条带聚类

1.      新的条带编辑窗口提供了一个简单的工具，使得预定义的子集条带进行聚类分析和统计检验。

2.      自定义字段可用于存储条带的元数据。

毛细管序列数据的导入和分析

1.      更灵活地导入毛细管电泳图。

2.      能够分开设置被导入的参考泳道（包括maker大小）和数据泳道。

3.      更简单的手动编辑在曲线处理器窗口的条带选择。

特征

新的特征窗口允许用户更方便地在预定义的特征子集上切换。

序列分析

Sanger序列

1.      序列文件更稳定的批量导入和组装。

2.      现存的序列组装能被重新修饰和重新组装而不需要再次导入文件。

3.      FASTA格式的文件可以导入并组装在BioNumerics编辑器中。

二代测序

1.      当使用已知的参考序列以协助组装，用新图谱去参考运算，图谱会相对于参考序列的位置读取参考序列，这对SNP分析非常有价值。

2.      基因组序列的灵活显示，用多重通道和定制曲线在新的圆形基因组浏览器。

3.      新的SAM/ BAM文件的导入使用户可以充分利用BioNumerics后处理能力为现有的序列组装。

趋势类型

能够从Biolog的Omnilog仪器导入和分析表型数据。

插件

MLVA插件

在BN7.5中MLVA插件有一个比较大的改版：

1.      无缝集成指纹曲线处理窗口。

2.      多重MLVA模式可以被每个数据库使用，其特别用在含有约一个以上细菌种类的信息数据库中。

3.      一个新的MLVA管理窗口更方便的管理MLVA模式、VNTR定义和作图。

4.      更方便的拖拉编辑VNTR bins。

5.      新的功能导入/输出MLVA模式和VNTR模型，促进peer-to-peer数据交换。

6.      使用来自不同厂商的实验室毛细管电泳设备，多种仪器类型可以被定义并用MLVA架构相关联。

7.      “MLVA typing”工具，设定VNTR maker的重复数，类似于MLST使用过程。

8.      当双VNTR等位基因观察到，在新的插件现在可以通过字符映射相似矩阵处理双VNTR分配。

RDP插件

直接查询在线核糖体数据库项目（RDP），方便基于16S rDNA序列菌株的分类学鉴定。

全基因组MLST插件

1.      随着二代测序正日益取代Sanger测序，常规MLST正逐步延伸到整个基因组MLST（wgMLST），提供更高的分辨率。被给的数据和需求量的运算，我们开发了具有集成的计算引擎和外部存储的自动pipeline，所以它仍然有良好的计算机客户端。

2.      高要求的计算，例如De novo组装可在外部计算引擎来执行。这里的选择是建立虚拟的无付费使用的云计算解决方案之间提供（例如，通过Amazon）或本地部署如计算机集群上（需要自定义服务）。只有wgMLST等位基因配置文件存储在所述BioNumerics数据库，得到一个lightweight and responsive菌株数据库。

3.      序列读取集导入序列（罗氏454®，Illumina®，PacBio®，IonTorrent®）和不同来源（NCBI，EMBL-EBI，Illumina®Basespace®或Amazon S3）。

4.      序列读取集可以导入链接到这些网上数据库，绕过上传、下载等繁琐步骤。

5.      计算机批量处理功能，在计算读取数据、进行从头组装、检测位点的存在和同时使用装配型和自由组装方法进行等位基因的标识。

6.      预览和管理用户提交的作业内容、提交时间、作业状态和进度的详细信息，提交作业和管理通过概述窗口访问，在工作双击显示作业日志信息。

7.      作业结果在一次处理数据库的导入结束，自动联动相应的条目信息。

8.      质量评估wgMLST结果，包括不完善的、新的等位基因的比对，复等位基因匹配或非相关等位基因比对。

9.      向服务器提交新的等位基因。

10.   wgMLST样本数据库和在服务器端定义的wgMLST同步。

11.   序列类型和克隆复杂的信息自动分配。

12.   灵活的样品报告在数据库中定义的不同亚型wgMLST方案。

13.   计算和显示分区的克隆群，并使用BioNumerics丰富的统计工具。

聚类和比对

1.      字符、峰类和条带的子集可以被可视化，在后续各种分析中使用。

2.      工具栏的字符类型实验中一个额外的下拉列表允许用户选择一个字段的字符标签。

3.      创建on-the-fly本地数据集直接内置在比对窗口，加快合成分析工作流程。

4.      大大增强了对树状图等图形内容导出选项。直接出口到TIFF，PNG，PDF，SVG等文件成为可能。

5.      打印预览窗口的布局可以保存为重复使用的模板。