染色质免疫共沉淀(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP)是研究蛋白质与DNA之间相互作用的强有力工具,在研究同染色质相关蛋白质,如组蛋白和它的异构体、特定DNA结构域上转录因子等许多相关领域中被广泛应用。
Illumina Genome Analyzer利用染色质免疫互沉淀的方法,使用抗体中和特定的蛋白,富集特异***联的DNA-蛋白质复合体,然后将寡核苷酸接头与特异性蛋白结合的DNA延伸拼接,进而对染色质免疫共沉淀获得的微量DNA片断进行海量平行测序,以解释对许多生物过程和疾病状态很关键的调控事件。与低分辨率的Chip芯片技术不同,ChiP-seq 经一次测序就准确的进行全基因组的关联分析,实现了全基因组范围内更精确、更敏感、更经济的定位目蛋白所有的结合位点,让您摆脱了固定数量的阵列特征或候选序列的束缚,自由阐释结合事件。
●结果提交
A: 原始数据报告,包含所有测序序列的序列信息、碱基读取质量评估
B: 基本数据分析报告(Excel表格),包含有效序列的序列信息,与参考基因组比对后的注释信息等。
C: 高级数据分析(应客户要求定制)
(1)根据ChIP获得DNA片段的生物意义进行相关性分析及差异分析
(2)统计每个样品的unique mapped reads在重复区域的分布情况、基因间区和基因上的分布情况及其在基因中的覆盖深度
(3)统计每个样品中与基因相关的Peak信息,给出基因列表。在每个样品中,对与Peak相关的基因做GO功能显著性富集分析;在多个样品间,对与Peak相关基因的ChiP-seq信息做差异分析。
●服务说明
ChIP样品的质量有严格要求,请提供浓度≥10ng/ul、总量≥200ng(建议将2-3次ChIP的DNA合并在一起送样)、OD260/280为1.8-2.2的DNA样品。同时请提供DNA打断时的检测胶图,要求打断后的DNA电泳主带在100-500bp范围内,建议在250bp左右。