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外显子组 靶向捕获测 肿瘤是一种复杂疾病，其发生发展可能与多种因素相关，基因组、转录组、蛋白组、表观调控等都在肿瘤发生发展过程中起着非常重要的作用，对于疾病发生发展的机制解析将对临床上的诊断、治疗及预后等都有很好的指导作用。然而，从单一的分子层次入手，很难全面的解析疾病发生机制，目前越来越多的研究采用多层次多平台联合应用的策略，从多组学角度全面解析和阐述肿瘤发生发展机制。比如，由美国政府发起的癌症和肿瘤基因组图谱（The Cancer Genome Atlas，TCGA）计划，正在从包括SNP/InDel、CNV、Methylation、mRNA、miRNA 等多层次分子数据入手，对几十种肿瘤进行多组学图谱绘制，将解析肿瘤发生发展机制，进一步在此基础上取得新的诊断和治疗方法，最后获得“预防癌症的策略”。 石蜡样品(Formalin-Fixed and Parrffin-Embedded，FFPE)，由于操作及使用方便，自发明以来在临床和科研领域广泛应用。数量巨大的FFPE 样品携带了大量的临床信息，蕴含了无限的科学研究的机会，是一个非常重要的样品宝库。但是，由于石蜡样本的制备和储存过程容易导致生物分子尤其是核酸分子的降解，因此，石蜡样品也是研究者们很棘手的研究对象。如何从样品中如何获得足够的生物分子并进行信息挖掘至关重要，对于研究者来讲，机遇与挑战是同时存在的。 针对目前的研究现状及需求，北京博奥晶典生物技术有限公司为科研工作者们特别推出了这期可以适用于石蜡样品检测的产品专集，汇集了基因组、转录组、蛋白组、表观调控等高中低通量的检测平台，希望能为大家的研究提供完整的解决方案，协助大家获得源源不断的科研成果！
认识博奥晶典● 北京博奥晶典生物技术有限公司（简称“博奥晶典”）是博奥生物集团有限公司暨生物芯片北京国家工程研究中心旗下主要产业化平台企业● 亚洲唯一一家入围MAQC 的机构，被Nature 列为全球知名微阵列产品和服务供应商，最早通过17025 国家合格实验室认可认证的科研服务机构● 战略合作伙伴/ 认证服务商等：Affymetrix、Illumina、Roche、Agilent、Life Technologies、Sequenom 博奥晶典协助众多客户连续在Cell 、Nature 、Science （CNS）杂志上发表了多篇高水平文章，发表在国际顶尖期刊上的文章包括Nature 及子刊 34 篇，Cell 及子刊14 篇，Science 1 篇。截止2016 年4 月，支持客户发表SCI 文章1500 余篇，影响因子超过6500 分。●影响因子>5 的文章超过360 篇●影响因子>10 的文章超过70 篇●影响因子>20 的文章超过32 篇博奥晶典检测平台基因组/DNA水平检测及验证服务● SNP芯片服务● CGH芯片服务● DNA甲基化检测服务转录组/RNA水平检测服务● mRNA表达谱芯片● miRNA芯片● lncRNA芯片服务● circRNA芯片服务蛋白质组学/Protein水平检测服务基因组学/DNA水平检测服务● 全基因组重测序● 外显子组和靶向捕获测序● DNA 甲基化测序● 宏基因组测序● HLA分型转录组/RNA水平检测服务● 转录组测序● 链特异性转录组测序● small RNA测序● circRNA测序定性与蛋白修饰检测蛋白质组定量检测方法● iTRAQ，TMT，SILAC蛋白功能研究——蛋白复合体分离与鉴定目 录FFPE样本检测——为疾病找到源头CNV/CGH 检测服务 拷贝数变异（CNV）（包括DNA 拷贝数重复、缺失以及多等位基因或复杂重排）是基因组变异的一种，它与人类的很多疾病相关，如孟德尔遗传疾病、智力缺陷、孤独症、精神分裂症、肿瘤、自身免疫病等。过去研究者通常采用荧光原位杂交（FISH）、核型分析等方法鉴定CNV，分辨率很低。随着高通量测序技术的发展，芯片密度越来越高，可以检测更高分辨率、更小片段的CNV。检测平台Affymetrix 芯片Agilent 芯片案例分享◆ Affymetrix OncoScan◆ Agilent aCGH 平台◆ Affymetrix 平台部分发表文章 Kohsaka S, et al ., A recurrent neomorphic mutation in MYOD1 defines a clinically aggressive subset of embryonalrhabdomyosarcoma associated with PI3K-AKT pathway mutations. Nat Genet , 2014 Jun;46(6):595-600.(IF:29.648) Raphael AW，et a l., Preliminary analysis of the mutational landscape of non-rhabdomyosarcoma soft tissuesarcoma:A Childrens Oncology Group study. Journal of Clinical Oncology , 2014 May, 32(15-Sup) (IF: 17.879) Riester M，et al ., Integrative analysis of 1q23.3 copy-number gain in metastatic urothelial carcinoma. Clin CancerRes , 2014 Apr 1;20(7):1873-83. (IF: 8.193) Gessi M，et al ., MYCN amplification predicts poor outcome for patients with supratentorial primitive neuroectodermaltumors of the central nervous system. Neuro Oncol , published online 26 January 2014. (IF: 5.286) Slade GD，et al ., Facial pain with localized and widespread manifestations: separate pathways of vulnerability. Pain .2013 Nov;154(11):2335-43. (IF: 5.836)◆ Agilent 平台部分发表文章 Varma S，et al ., High resolution copy number variation data in the NCI-60 cancer cell lines from whole genomemicroarrays accessible through CellMiner. PLoS One , 2014 Mar 26;9(3):e92047. (IF: 3.534) Docampo E，et al ., Genome-wide analysis of single nucleotide polymorphisms and copy number variants infibromyalgia suggest a role for the central nervous system. Pain , 2014 Jun;155(6):1102-9. (IF: 5.836) Tzetis M , et al ., The clinical utility of molecular karyotyping using high-resolution array-comparative genomichybridization. Expert Rev Mol Diagn , 2012 Jun;12(5):449-57. (IF: 4.27) Han T，et a l., Characterization of whole genome amplified (WGA) DNA for use in genotyping assay development.BMC Genomics , 2012 Jun 1;13:217. (IF: 4.041)SNP 检测服务 在人类基因组中大概每1000 个碱基就有一个SNP，继SSR 之后，SNP 成为第三代遗传标志，SNP 研究是人类基因组计划走向应用的重要步骤。研究表明，人体许多表型差异、对药物或疾病的易感性等都可能与SNP 有关。SNP 标记个体患病风险的评估及预测、疾病易感位点的分析、药物敏感性研究、疾病分型及预后等研究。利用Sequenom MassArray SNP 分型技术，我们可以帮助您从宝贵的FFPE样本中完成SNP 分型检测。检测平台 Sequenom MassArray SNP 位点检测服务采用专业的引物设计和基因分型软件，可对95% 以上已被证实的SNP 进行实验设计，特别适合于SNP 位点小于200 个，样本量大于500 份的检测目的。实验过程无需荧光标记，降低了每次基因型分析的成本的同时也提供了更高的可靠度。芯片特点芯片规格案例分享◆ Sequenom 平台部分发表文章 Frampton GM，et al ., Development and validation of a clinical cancer genomic profiling test based on massively parallelDNA sequencing. Nat Biotechnol . 2013 Nov;31(11):1023-31. (IF: 39.08) Hwang JA，et al ., HOXA11 hypermethylation is associated with progression of non-small cell lung cancer.Oncotarget , 2013 Dec;4(12):2317-25. (IF: 6.627) Okamoto I，et al ., Multiplex genomic profiling of non-small cell lung cancers from the LETS phase III trial of firstlineS-1/carboplatin versus paclitaxel/carboplatin: results of a West Japan Oncology Group study. Oncotarget , 2014 Apr30;5(8):2293-304. (IF: 6.627)
DNA 甲基化检测服务 目前，DNA 甲基化是表观遗传学研究的重点内容，在维持正常细胞功能、遗传印记、胚胎发育、X染色体失活以及染色体稳定性的维持中起着重要作用。正常的DNA 甲基化模式的改变与癌症、糖尿病和心血管疾病等多种疾病相关。博奥晶典利用Illumina 和Sequenom 服务平台，为客户提供高低搭配的基因组甲基化检测服务，全面满足您的需求。检测平台案例分享◆ Sequenom 平台对软组织肉瘤的甲基化检测 Yin L，et al ., Analysis of PTEN methylation patterns in soft tissue sarcomas by MassARRAY spectrometry. PLoSOne , 2013 May 17;8(5):e62971.◆ Illumina 平台部分发表文章 Dietel M , et al ., Predictive molecular pathology and its role in targeted cancer therapy: a review focussing on clinicalrelevance. Cancer Gene Ther ,2013 Apr;20(4):211-21.(IF:2.553) Dumenil TD , et al ., Genome-wide DNA methylation analysis of formalin-fixed paraffin embedded colorectal cancertissue. Genes Chromosomes Cancer , 2014 Jul;53(7):537-48. (IF:3.836) Spencer DH , et al ., Comparison of clinical targeted next-generation sequence data from formalin-fixed and freshfrozentissue specimens. J Mol Diagn, 2013 Sep;15(5):623-33. (IF:3.955)◆ Sequenom 平台部分发表文章 Hwang JA，et al ., HOXA11 hypermethylation is associated with progression of non-small cell lung cancer.Oncotarget , 2013 Dec;4(12):2317-25. (IF: 6.627) Hwang JA，et al ., Epigenetic inactivation of heparan sulfate (glucosamine) 3-o-sulfotransferase 2 in lung cancer andits role in tumorigenesis. PLoS One, 2013 Nov 12;8(11):e79634. (IF: 3.534) Lin PC，et al ., Epigenomic alterations in localized and advanced prostate cancer. Neoplasia , 2013 Apr;15(4):373-83.(IF: 5.398)Castilla MÁ，et al ., MicroRNA-200 Family Modulation in Distinct Breast Cancer Phenotypes. PLoS One,2012;7(10):e47709. (IF: 3.534)靶向测序检测服务 靶向测序是指从全基因组中分离并富集特定区域序列进行测序研究。外显子组测序是靶向测序的一种。外显子组区域包含蛋白质序列编码信息，大部分疾病相关的变异位于外显子组区域。与全基因组重测序相比，外显子组测序更加经济、覆盖度更深、数据准确性更高，可实现大样本量、高效地发现与疾病或表型相关的遗传变异以及罕见突变，是单基因遗传病和复杂疾病研究的有力工具！检测策略可根据靶标区域大小、位点数目、样本数目等选择合适的检测平台！PCR-reseq：PCR 产物重测序；SeqCap：序列捕获，可以针对100 K~96 M 连续的或非连续的靶标区域进行检测可根据客户研究需要，采用不同芯片进行序列捕获！博奥晶典可根据客户研究需要，提供NimbleGen、Agilent、ABI（lon Ampliseq）等平台的定制捕获服务!案例分享◆ Roche NimbleGen 捕获芯片 分别对新鲜冻存和FFPE 肿瘤样品进行建库和捕获测序，起始量为500 ng、250 ng、100 ng，实验进行一次重复。使用Hiseq 2000 测序，2 lane。从上表可以看出，使用FFPE 样本除了duplication率明显高于新鲜冻存的组织样品外，其他数据与Fresh Frozen 差别不大。在使用100 ng 起始量时，mean coverage 和median coverage 都低于新鲜冻存样本。左图：在1X、20X、40X 深度以上的目标区域覆盖度在两种样本中基本没有差别；80X、100X 深度以上的目标区域覆盖度仅100ng FFPE 样本偏低，500 ng 和250 ng 无差别。右图：对突变位点进行20X 和40X 覆盖度筛选情况，两种样本间差异不大。案例分享◆ Agilent 捕获芯片 Kerick，et al ., Targeted high throughput sequencing in clinical cancer Settings: formaldehyde fixed-paraffin embedded(FFPE) tumor tissues, input amount and tumor heterogeneity BMC. Medical Genomics , 2011, 4:68. 马普分子遗传学研究所Martin Kerick 等从根治性前列腺切除标本中分离前列腺组织，一部分组织速冻保存，另外一部分做为FFPE 样本。首先对这两种保存方式的样本提取DNA，然后使用Agilent 平台进行全外显子组测序（52 Mb）和目标区域捕获测序（3.9 Mb）。研究表明：随着覆盖度提高，速冻样本和FFPE 样本测序检测到的不一致，SNV/InDel 百分比下降；当coverage ＞ 80X 时，两种样本检测到的SNV/InDel 几乎完全一致。为了评估测序检测变异的灵敏度和特异性，作者对速冻样本使用Affymetrix SNP 6.0 芯片进行检测，并将芯片结果与测序结果进行比较，发现在10X coverage 时，两者一致性仍可达98% 以上。◆ Ion Torrent 扩增子测序 利用Ion Torrent 平台，使用扩增子测序的方法对客户石蜡样品提取的DNA 进行靶向扩增测序。结果表明， Ion Torrent 平台对FFPE 等具有挑战性的样品具有良好的兼容性，测序深度均一，均在1000X 以上，覆盖度均超过90%。◆ ABI 3730XL 扩增子测序 利用ABI 3730XL 平台，对非小细胞肺癌患者的FFPE 样本进行靶向药物相关基因检测， 对EGFR（exon19）基因测序结果如下图，结果表明TK 抑制剂的敏感性仅对EGFR 突变阳性的病人有效。◆ Roche NimbleGen 部分发表文章 Gulsuner S，et al ., Spatial and temporal mapping of de novo mutations in schizophrenia to a fetal prefrontal corticalnetwork. Cell , 2013 Aug 1;154(3):518-29. (IF: 33.116) Tenedini E，et al ., Targeted cancer exome sequencing reveals recurrent mutations in myeloproliferative neoplasms.Leukemia , 2014 May;28(5):1052-9. (IF: 9.379) Hussain MS，et al ., CDK6 associates with the centrosome during mitosis and is mutated in a large Pakistani familywith primary microcephaly. Hum Mol Genet , 2013 Dec 20;22(25):5199-214. (IF: 6.677) Wells QS，et al ., Whole exome sequencing identifies a causal RBM20 mutation in a large pedigree with familial dilatedcardiomyopathy. Circ Cardiovasc Genet , 2013 Aug;6(4):317-26. (IF: 5.337)◆ Agilent 平台部分发表文章 Kurek KC，et al ., Somatic mosaic activating mutations in PIK3CA cause CLOVES syndrome. Am J Hum Genet , 2012Jun 8;90(6):1108-15. (IF: 10.987) Rope AF，et al ., Using VAAST to identify an X-linked disorder resulting in lethality in male infants due to N-terminalacetyltransferase deficiency. Am J Hum Genet , 2011 Jul 15;89(1):28-43. (IF: 10.987) Giulino-Roth L，et al ., Targeted genomic sequencing of pediatric Burkitt lymphoma identifies recurrent alterations inantiapoptotic and chromatin-remodeling genes. Blood, 2012 Dec 20;120(26):5181-4. (IF: 9.775) Hasemeier B，et al ., Archival bone marrow trephines are suitable for high-throughput mutation analysis using nextgeneration sequencing technology. Haematologica , 2013 Sep;98(9):e115-6. (IF: 5.868)lncRNA 检测服务 长链非编码RNA（long non-coding RNA，lncRNA）是一类转录本长度超过200nt、不编码蛋白的RNA。近年来研究表明lncRNA 能在表观遗传、转录及转录后水平上调控基因表达，参与了X 染色体沉默、基因组印记以及染色质修饰、转录激活、转录干扰、核内运输等多种重要的调控过程，与人类疾病的发生、发展和防治都有着密切联系。 虽然越来越多的lncRNA 被发现，但是绝大部分的lncRNA 的功能仍然有待挖掘。目前主要通过lncRNA 芯片或新一代测序等方法对lncRNA 进行功能研究。现阶段，基因芯片技术发展趋于成熟稳定，在此平台上，通过设计不同的lncRNA 探针，可以更加快速、高通量地筛选出疾病或特定生物学过程中差异表达的lncRNA 和mRNA 信息，最终找到lncRNA 的靶基因位点深入分析调控机制。检测平台 晶芯® 人类长链非编码RNA（lncRNA）芯片V4.0 由博奥生物集团有限公司与中国科学院生物物理研究所陈润生院士课题组共同开发，目前已经完成食道癌、肺癌、肾细胞癌、肝癌、卵巢癌、甲状腺肿瘤、结肠癌、舌癌、胶质瘤、乳腺癌、宫颈癌等十余种肿瘤的相关研究，检测总样品数超过2000 个。晶芯® lncRNA4.0 芯片探针设计思路>芯片特点数据分析展示案例分享◆ lncRNA 分类器——肿瘤样本预后 LncRNA profile study reveals a three-lncRNA signature associated with the survival of patients with oesophagealsquamous cell carcinoma Gut .2014 Feb 12. doi:10.1136/gutjnl-2013-305806. lncRNA 功能失调与包括肿瘤在内的多种疾病的发生和发展有关，是近年来国际上生命科学研究的热点领域。中国医学科学院肿瘤研究所赫捷院士课题组与中科院生物物理所陈润生院士课题组合作利用lncRNA 芯片系统检测了179 对食管鳞状细胞癌(OSCC) 和癌旁组织lncRNA 表达谱。表达谱数据分为训练集、测试集和独立验证集（n=60，59 和60），研究者采用Random forest 法寻找生存相关的lncRNAs，并用Nearest shrunken centroid algorithm 构建lncRNA 表达签名。最终建立了一个包含3 个lncRNA 的表达签名（ENST00000435885.1，XLOC_013014and ENST00000547963.1)，根据这3 个lncRNA 的表达特征可以有效区分高风险和低风险组，两组生存存在显著差异。多变量Cox 回归分析显示该lncRNA 表达签名是食管鳞状细胞癌的独立诊断指标，通过分层分析显示这种区分在各个临床分期的生存都存在显著差异。本研究中lncRNA 表达谱芯片检测工作由博奥生物 | 博奥晶典完成。◆ lncRNA 功能研究A novel long non-coding RNA-ARA:adriamycin resistance-associated.Biochem Pharmacol . 2014 Jan 15;87(2):254-83. doi: 10.1016/j.bcp.2013.10.020. 上海交通大学医学院附属瑞金医院沈坤炜教授课题组利用全基因组lncRNA 表达谱芯片检测阿霉素耐药株MCF-7/ADR 和非耐药的MCF-7 细胞。发现在不同类别和染色体分布模式中lncRNA 的差异表达情况。 一个特异的差异表达lncRNA（ 阿霉素耐药相关lncRNA， 简写为ARA） 在MCF-7/ADR 和HepG2/ADR 细胞中得到确认。ARA 来自于PAK3 基因的内含子，对其进行二级结构预测显示包含一些稳定的发夹结构且在灵长类动物中保守。在乳腺癌细胞株群和肝癌细胞株群中，ARA 表达与阿霉素敏感性显著相关，在敏感的MCF-7 和HepG2 细胞系中接受阿霉素处理后，ARA 表达显著上调。在体外，通过基因沉默ARA lncRNA 对ARA 的功能进行了评估，发现敲除ARA 减少细胞增殖，诱导细胞死亡，引发G2/M 停滞并限制细胞迁移能力。此外，基因芯片转录组分析全面展示了受到ARA 调控的基因。研究人员发现ARA 可以调节多种信号转导通路，包括MAPK 信号通路，代谢途径，细胞周期和细胞粘附相关的生物学通路，并调节细胞过程包括转录过程和蛋白结合功能。本研究中lncRNA 表达谱芯片检测工作由博奥生物 | 博奥晶典完成。mRNA 检测服务 FFPE 样本中的mRNA 都会有不同程度的降解，得到完整的转录本十分困难。通过全转录组芯片能够获得更加完整的转录本信息，而采用3 芯片进行实验却可能导致大量信息的丢失。检测平台案例分享◆ Affymetrix 预测肿瘤敏感性和耐药性的基因表达生物标记鉴定 Burington B，et al ., CD40 pathway activation status predicts response to CD40 therapy in diffuse large B celllymphoma. Sci Transl Med , 2011 Mar 16;3(74):74ra22. Burington 等分析了FFPE 淋巴瘤样品，以确定15 个基因的表达特征，其中包含CD40 靶基因，它可预测肿瘤对CD40 治疗药物的敏感性和耐药性。CD40 激活通路中转录变体的鉴定只能通过全转录组芯片，而无法通过3 芯片设计来实现。◆ Affymetrix 平台部分文章列表 Jones AM，et al ., mRNA expression profiling of phyllodes tumours of the breast: identification of genes important inthe development of borderline and malignant phyllodes tumours. J Pathol , 2008 Dec;216(4):408-17. (IF: 7.33) Jacobson TA，et al ., Gene expression analysis using long-term preserved formalin-fixed and paraffin-embeddedtissue of non-small cell lung cancer. Int J Oncol, 2011 Apr;38(4):1075-81. (IF: 2.773) Roberts L，et al ., Identification of methods for use of formalin-fixed, paraffin-embedded tissue samples in RNAexpression profiling. Genomics , 2009 Nov;94(5):341-8. (IF: 2.793)案例分享◆ Affymetrix 肝脏移植候选人的鉴定 Barry CT，et al ., Micro RNA expression profiles as adjunctive data to assess the risk of hepatocellular carcinomarecurrence after liver transplantation. Am J Transplant , 2012 Feb;12(2):428-37. Barry C. T 等利用GeneChip® miRNA 4.0 分析了FFPE 组织样品中的miRNA，以发现肝细胞癌(HCC) 的复发标志物，这将有助于确定肝脏移植的最佳人选，因为他们的复发风险低。利用分层聚类方法及MIN-MAX 细化和Cox 回归分析，他们发现了67 个miRNA 探针，可区分存在和不存在HCC复发风险的患者。miRNA 检测服务◆ Agilent◆ Affymetrix 平台部分文章列表 Hall JS，et al ., Enhanced stability of microRNA expression facilitates classification of FFPE tumour samples exhibitingnear total mRNA degradation. Br J Cancer , 2012 Aug 7;107(4):684-94. (IF:4.817) Peveling-Oberhag J，et al ., Feasibility of global microRNA analysis from fine-needle biopsy FFPE material in patientswith hepatocellular carcinoma treated with sorafenib. Clin Sci (Lond) . 2014 Jun 24. (IF:5.629) Murria Estal R，et al ., MicroRNA signatures in hereditary breast cancer. Breast Cance r Res Treat , 2013Nov;142(1):19-30. (IF: 4.198) Kolbert CP，et al ., Multi-platform analysis of microRNA expression measurements in RNA from fresh frozen and FFPEtissues. PLoS One. 2013;8(1):e52517. doi: 10.1371/journal.pone.0052517. Epub 2013 Jan 31. Erratum in: PLoS One ,2014;9(1). (IF: 3.534)◆ Agilent 平台部分文章列表 Mestdagh P，et al ., Evaluation of quantitative miRNA expression platforms in the microRNA quality control (miRQC)study. Nat Methods , 2014 Aug;11(8):809-15. (IF: 25.953) Radom-Aizik S，et al ., Impact of brief exercise on circulating monocyte gene and microRNA expression: implicationsfor atherosclerotic vascular disease. Brain Behav Immun , 2014 Jul;39:121-9. (IF: 6.128) Bjaanaes MM，et al ., Unique microRNA-profiles in EGFR-mutated lung adenocarcinomas. Int J Cancer , 2014 Oct15;135(8):1812-21. (IF: 5.007) Palayoor ST，et al ., Differential expression of stress and immune response pathway transcripts and miRNAs in normalhuman endothelial cells subjected to fractionated or single-dose radiation. Mol Cancer Res , 2014 Jul;12(7):1002-15. (IF:4.502) OToole TE，et al ., Acrolein Decreases Endothelial Cell Migration and *** Sensitivity Through Induction of let-7a.Toxicol Sci , 2014 Aug 1;140(2):271-82. (IF: 4.478) 已有研究发现，circRNA 具有microRNA 海绵作用, 即结合microRNA，抑制其发挥作用，从而调控 microRNA 靶基因的功能。考虑到microRNA 在生理和疾病过程中发挥的重要作用，circRNA 在疾病的发生中必然发挥着关键性的调控作用。并且，因为环状RNA 结构的稳定性，circRNA 有巨大潜力成为新型临床诊断标志物或治疗靶点。 circRNA 还可能具有调控基因转录、调控RNA 结合蛋白、参与蛋白质翻译等功能，其在动脉粥样硬化、神经系统紊乱、糖尿病和肿瘤等疾病发生过程中起着较为重要的作用，因而circRNA 也是基础研究的重要方向之一。深入研究circRNA 的结构和功能可使我们更好地了解疾病的发生机制，提高相关疾病的预防和诊断水平。芯片特点circRNA-Seq 检测服务 部分合作客户单位
