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WES数据分析

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WES数据分析

WES Data Analysis

实验原理

外显子组测序 (Whole Exome Sequencing，WES）是利用探针杂交富集全基因组外显子区域的DNA序列，通过高通量测序，发现与蛋白质功能变异相关遗传突变的技术手段。它可用于寻找复杂疾病如癌症的致病基因和易感基因等的研究。同时，基于大量的公共数据库提供的外显子数据，科学家们能够结合现有资源更好地解释研究结果。由于外显子组测序只需针对外显子区域的DNA即可，因此远比进行全基因组序列测序更简便、经济、高效。

实验流程

实验结果

样本组突变频谱的统计：

不同突变类型出现频率

Somatic mutation 分布热图：

预测驱动基因：癌症是一种复杂的疾病，是大量体细胞突变积累的结果。通常癌细胞中的突变分为两种类型：一种对肿瘤的增殖扩散有重要影响，使肿瘤获得选择性的增长优势，这样的突变称为驱动突变（driver mutation）。另外一种对肿瘤增殖扩散影响很小或者没有影响的突变称为 passenger mutation。检测 driver mutation、driver gene 具有重要意义，可以进一步理解肿瘤形成的分子机理从而开发更有效的药物治疗癌症。

分两部分，一部分与已知驱动基因进行比较，二预测driver mutation。

Pathway富集分析： 在生物体内，不同基因相互协调行驶其生物学功能，通过 Pathway 显著性富集能确定高频突变基因参与的最主要生化代谢途径和信号转导途径。将高频基因富集出的通路图展示出来。通过IPA，可以分析癌变相光的pathway，以及提取对应的药物信息、文献信息注释

样品肿瘤外显子CNV检测：依据WES 数据，分析肿瘤样本的拷贝数异常（CNV）。CNV 检测的流程，可以估计肿瘤样本的纯度和倍体，纯度表示肿瘤细胞占总细胞的比例，倍体，对正常人，是2倍体，对肿瘤样本就可能是3、4。从而推断基因的绝对拷贝数。

1号染色体depthratio 和B allele frequency分布

基因组拷贝数分布

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