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荧光显微镜行业是伴随着显微镜行业发展而逐渐兴起的一个新的光学显微领域。早期由于其发展的受限，市场规模一直处于较小的规模。在一些在光学显微镜领域发展比较好的公司，其荧光显微镜产品也只占到公司整体产品很小的比重。
通过对荧光显微镜行业内100多家公司进行分析，包括对比较有代表性的行业龙头企业麦克迪奥(厦门)电气有限公司，行业内的上市公司：凤凰光学股份有限公司以及宁波舜宇仪器(集团)有限公司，进行分析之后，发现除麦克迪奥电气有限公司的显微镜业务占据主营业务比重高达50%以外，其他公司的显微镜产品比例都较低。
据测算，2010年我国荧光显微镜行业市场规模为7.5亿元，到2015年增长至26亿元，年均复合增长率达到了28.23%。可见，随着国家对仪表仪器产业发展的重视，以及我国在荧光显微镜上技术的提升、品牌的逐渐建立，荧光显微镜行业市场规模不断壮大。
2010-2015年荧光显微镜行业市场规模(单位：亿元)
荧光显微镜行业属于工具性行业，其发展不但受到上游原材料行业市场的影响，更容易受到来自其下游应用市场的影响。其主要的应用市场已经不再局限于教学研究以及医疗服务工业，开始向更加广泛的领域扩展，如检测行业、生物科学行业，随着荧光显微镜制造技术的不断提升，其应用领域将会得到更大的拓展，将转向更加高精专的行业领域。
据测算，发达国家的生物医学规模每增长1个百分点，将带动光学仪器行业增长0.14个百分点。以此推算，我国生物医学行业市场规模的扩大将带动荧光显微镜行业1.3%左右的增长。结合其他应用领域，经推算，2016年我国荧光显微镜行业的市场容量将达到33亿元，到2022年，我国荧光显微镜行业市场容量将突破80亿元，年复合增长率将达到17.1%左右。
2016-2022年荧光显微镜行业市场容量预测(单位：亿元)
我国荧光显微镜行业发展已历70余年，如今，国内荧光显微镜品牌知名度较高的仍然是由外企生产出来的产品占据绝大多数。国内的众多公司在荧光显微镜行业与外企的竞争角逐中始终处于下风，盘踞在行业的中低端市场。
随着国家鼓励科技创新、创造风气的盛行，我国荧光显微镜行业将在潮流的带动下，更多的在产品制造的技术上下功夫，在兼收并蓄的同时，积极发展自己的技术，不断创新。
创新创造能力的提高离不开国家在基础设施以及创新过程中的不断投入。从我国研究与试验发展经费支出情况来看，2011年，我国研究与试验发展经费支出为8687亿元，到2015年达到了14220亿元，年均复合增长率为13.11%。
2011-2015年我国研究与试验发展经费支出情况(单位：亿元，%)
随着国家科研的不断投入，以及人才的不断培养，将对荧光显微镜行业的技术状况产生有利影响，将会慢慢改变我国荧光显微镜技术严重依赖进口的现状，促进行业技术改造升级。
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