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ENCODE于2003年推出，用于破译人类基因组中存在的不同基因组元素。大规模努力的目标之一是了解基因表达调控的表观遗传作用。
该项目研究了染色质结构(包裹在组蛋白上的DNA)对基因表达程度的影响。
在大自然1字母，36个机构，其中包括埃及亚历山大大学的国际大财团，呈现在飞，蠕虫病毒和人类之间的染色质组织的分歧第一次系统目录，同时还提供了800分数据集的ENCODE数据库。
染色质结构的变化是组蛋白不同化学修饰的复杂组合效应的结果，导致其他非组蛋白蛋白的结合。
苍蝇和蠕虫是常用的模型系统来研究这一点，但是苍蝇，蠕虫和人之间的染色质组织存在显着差异，在从这些模型的研究得出的结论可以推广之前需要理解这些差异。
该联盟使用的技术捕获与细胞中DNA结合的蛋白质，以找到组蛋白，修饰组蛋白或非组蛋白结合的DNA元件。
通过在全基因组范围内进行这些实验，并覆盖所有不同可能的组蛋白修饰的景观，以及来自三种生物的不同发育阶段的细胞系上的大量非组蛋白，他们创造了全面的详细说明染色质组织的相似和不同的地图。
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