研究人员对伊比利亚山猫的基因组进行序列分析

2018-12-17来源: 阅读量:108
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西班牙的一个研究小组成功地对伊比利亚ly((Lynx pardinus)的基因组进行了测序和分析,这是世界上最濒危的猫科动物,也是濒临灭绝的物种的独特例子。

研究人员对伊比利亚山猫的基因组进行序列分析

伊比利亚ly is是四种现存的ly species物种之一,它们有着短的尾巴,斑点的外套,强壮的身体,长腿,以及特有的簇状耳朵和类似胡须的褶皱。

也被称为西班牙ly ,,这个物种只有欧亚ly((Lynx lynx)大小的一半,并且在尺寸上更接近加拿大ly((Lynx canadensis)和山猫(Lynx rufus)。

伊比利亚和欧亚ly is是姊妹物种和欧亚大陆的两个现存的ly ..与大型的,通用的和广泛的欧亚ly,相比,伊比利亚ly is更小,是栖息地和猎物专家,仅限于伊比利亚半岛的地中海地区,在那里它们几乎完全捕食欧洲兔(Oryctolagus cuniculus)。

据说曾经相当丰富并且广泛分布在整个伊比利亚半岛,在20世纪下半叶急剧下降,在Doñana和Andújar两个孤立的种群(Sierra Morena)中分布的不到100个人(少于62个成熟)在西班牙南部的安达卢西亚,它被认为是世界上最濒危的猫科动物,并被列为2002年,2006年和2008年世界自然保护联盟红色名录中的“极度濒危”。

根据本周发表在基因组生物学杂志上的一项新的遗传分析,伊比利亚lyin拥有哺乳动物中最不同的基因组之一。

这项由西班牙国家研究委员会Doñana生物站研究员JoséGodoy博士领导的研究作者对一名名叫Candiles的伊比利亚男性的基因组草案进行了测序,组装和注释,并重新测序了另外十名伊比利亚人和一名伊比利亚人。欧亚lyx基因组。

此外,为了获得基因表达数据并辅助基因注释,他们表征了11个lynx组织的转录组。

“我们成功地阅读并组织了来自Candiles的24亿个DNA信件,这是一种出生在Sierra Morena lynx种群中的雄性ly ,,”作者说。

“为此,我们使用新的测序技术并开发了创新的程序来生成高质量的草图基因组。”

共鉴定出21,257个基因,其数量与人类和其他哺乳动物相似,并与猫,老虎,猎豹和狗进行了比较。

“具体来说,我们将伊比利亚lynx基因组与其他物种的基因组进行了比较,试图找出失去其功能的基因,因为它们一直处于孤立状态,并存在少量这一物种的标本,”科学家说。

他们发现了与听觉,视觉和嗅觉相关的基因修饰的证据,以促进ly to对其环境的适应,这使他们成为专门用作兔子的特殊猎人。

“为了研究物种的历史和遗传多样性,对来自Doñana和Sierra Morena的另外10只伊比利亚ly in的基因组进行了分析,这是伊比利亚半岛上唯一存活下来的两个人口,它们之间是相互隔离的。几十年来,“作者说。

该团队还完成了与欧洲ly in的比较分析,以发现居住在欧亚大陆的两个ly in之间的联系。

“伊比利亚猞猁开始从它的姊妹品种约30万年前出现分歧,这两个品种完全成了一些2500年前分离,”研究人员说。

“在此期间,当气候学允许物种在伊比利亚半岛和欧洲南部相互传播和相遇时,它们可能继续交叉繁殖和交换基因,可能是在冰川之间的时期。”

科学家还发现了伊比利亚山羊历史上一系列严重的人口瓶颈,这些瓶颈在20世纪已知的人口统计学衰退之前就已经发生,并且对其基因组进化产生了极大的影响。

他们解释说:“伊比利亚ly has的人口历史以三次历史性下降为标志,其中最后一次发生在大约300年前,人口大幅减少。”“除此之外,20世纪由于受到迫害,栖息地遭到破坏,以及主要食物来源兔子遭受两次主要的病毒感染,标本数量急剧下降。”

该团队将这些人口下降解释为观察到的低水平多样性的原因,并警告说这可能会削弱lynx适应环境变化的能力。

“此外,确认存在多种潜在有害的遗传变异,这可能有助于降低该物种的存活率和繁殖率,”他们说。

“这种遗传变异在多纳纳人群中尤其显着 - 较小,并且分离的时间较长 - 这一点具有塞拉莫雷纳群体遗传多样性的一半。”

“然而,这项研究反映了两个孑遗种群之间交换之前的状况,以及它们在圈养中的相互繁殖。”

“这些措施是在伊比利亚山地保护计划中采取的,近年来已经改善了该物种的遗传状况。”

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