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美国能源部联合基因组研究所(DOE JGI)是美国能源部科学用户设施办公室，已宣布为2016年社区科学计划(CSP)选择了27个新项目。
“通过我们的外部审查流程选择的这些新的CSP项目利用DOE JGI在核酸测序和分析方面的尖端能力，并在关键领域建立我们的产品组合，包括可持续生物能源生产，植物微生物组和陆地生物地球化学，”Susannah Tringe说， DOE JGI用户计划代理。
CSP 2016项目是从收到的74份完整提案中选出的，其中提交了98份意向书。据估计，CSP 2016产品组合的总分配将接近DOE JGI工厂的近40万亿碱基(terabases或Tb)，真菌和微生物基因组测序能力。完整的项目清单可在http://jgi.doe.gov/our-projects/csp-plans/fy-2016-csp-plans/找到。
一个参考基因组，许多应用
一些项目强调了如何应用单一参考基因组来推进先前支持的研究，而其他项目则侧重于植物 - 微生物相互作用。其中两项尤其利用了DOE生物与环境研究(BER)可持续生物能源办公室的奖项。
林肯内布拉斯加大学的Daniel Schachtman提出了一个项目，重点是对高粱的系统分析，这是一种潜在的生物能源原料，由DOE JGI测序并于2009年发表在Nature杂志上。该项目旨在了解基因型 - 其潜在的遗传构成 - 微生物组成和环境如何影响高粱的表型 - 植物的可观察性状。这项工作还得到了Schachtman的可持续生物能源资助以及唐纳德丹佛斯植物科学中心和北卡罗来纳大学的同事们的支持。
旨在提高生物能源作物产量的另一个项目来自德克萨斯大学奥斯汀分校的Tom Juenger。通过测序数百种柳枝稷基因型，该团队希望确定有助于高产量的遗传变异和可用于生物燃料生产的高质量植物生物量。Juenger的项目与他通过BER的可持续生物能源作物开发资助相吻合。对于这一资助机会，BER征求系统生物学驱动的基础研究申请，重点是了解微生物和微生物群落在促进生物能源作物原料及其相关生态系统健康方面的作用。
例如，有四个项目利用DOE JGI在2007年生成的莱茵衣藻(Chlamydomonas reinhardtii)基因组资源。加州大学伯克利分校Kris Niyogi的一个项目涉及重新测序藻类突变体以鉴定与光合作用相关的基因。另一个来自加利福尼亚大学洛杉矶分校的Sabeeha Merchant，研究将北极地区积雪作为生物燃料藻类农场潜在原料的藻类。
来自堪萨斯州立大学的Jesse波兰提出了对中间小麦草(Thinopyrum intermedium)进行测序的建议，这是一种与小麦相关的多年生植物，其生物量产量相当于柳枝稷。通过产生中间小麦草的全基因组装配，然后与DOE JGI旗舰 和草模型品种 Brachypodium distachyon以及小麦进行比较分析，该团队希望开发可用于提高生产力的方法的基因组资源。候选生物能源原料草。
组织间相互作用
除了上面提到的Juenger项目，密苏里大学的J. Chris Pires的一个项目侧重于兰花和真菌之间的共生关系。兰花遍布世界各地，它们的种子依靠仅由菌根真菌提供的碳来发芽并发育成幼苗。研究这些关系可以为研究人员提供有关DOE相关生物质原料的植物 - 真菌相互作用演变的见解。
意大利那不勒斯大学的Matteo Lorito提出的建议侧重于土壤真菌和原料作物之间的类似共生关系。他的项目专门针对次生代谢物，这些化合物帮助生物体繁殖和交流，由木霉属真菌物种与草B. distachyon相互作用产生。
其他项目强调了生态系统中微生物相互作用的重要性。其中一个项目来自斯坦福大学的Christopher Francis，他正在研究科罗拉多河流域上游铀污染地下水位氮循环微生物群落的作用。目标是确定硝化作用在铀释放到含水层中可能发挥的作用。
另外两个植物微生物组项目侧重于涉及潜在的可持续生物能源原料(如杨树和桉树)的真菌相互作用。来自加拿大不列颠哥伦比亚大学的理查德·哈梅林(Richard Hamelin)的一位研究人员旨在开发一个可能伤害松树和杨树的病原体数据库，从而通过早期检测防止爆发，而另一个来自澳大利亚西悉尼大学的Ian Anderson的数据库共生Pisolithus属的功能基因表达，其中几种与松树和桉树有共生关系。
专注于真菌
其他几个项目都有真菌成分，突出了生命之树上这个特殊分支的广度。其中三个项目扩展了1000个真菌基因组计划，该项目旨在从500多个公认的真菌家族中获得至少两个参考基因组。还有一些项目专注于利用真菌酶进行生物能源应用。其中一个来自德国巴伐利亚州农业研究中心的Veronika Dollhofer。她提出研究来自反刍动物肠道的厌氧真菌，以更好地了解它们如何分解摄入的植物物质。厌氧真菌中的酶允许它们降解植物质量并将其转化为糖，这种组合可用于生产规模的沼气植物。
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