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环境中抗生素抗性细菌水平的增加可能有不同的原因。这可能是环境中抗生素残留物的现场选择的结果，因此促进了新形式抗性的进化。或者，它仅仅是由粪便细菌污染，通常比其他细菌更耐药。了解哪种解释是正确的是管理风险的基础。
发表在Nature Communications上的一项研究表明，“crAssphage”是一种特异于人类粪便中细菌的病毒，与环境样本中抗生素抗性基因的丰度高度相关。这表明粪便污染可以在很大程度上解释人类受影响环境中常见的抗性细菌的增加。然而，有一个明显的例外，即在没有噬菌体存在的情况下，抗性基因也很常见 - 这些环境受到制造过程中高水平抗生素的污染。
哥德堡大学Sahlgrenska学院环境药理学教授，共同作者之一Joakim Larsson说：“这些发现非常重要，因为它们可以告知管理环境中与抗生素抗性细菌相关的人类健康风险。残留物显然是造成某些生产基地附近异常高阻力的原因，粪便污染可能是大多数其他地方的解释。
“人们可能想知道这是否意味着我们不需要关心世界各地污水处理厂释放的低水平抗生素。” 拉尔森评论说：“该研究表明在解释环境中抗生素耐药性的结果时考虑粪便污染水平的重要性。这表明人们通常不需要通过残留抗生素的现场选择来解释这些发现。但是并不排除在环境中仍然存在低水平抗生素的选择。其他研究结果仍然表明某些抗生素的低环境水平可以选择抗药性。这需要进一步的研究，“拉尔森说。
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