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在微生物学前沿发表的一项新研究中，德克萨斯大学圣安东尼奥分校(UTSA)生物系助理教授Mark Eppinger描述了追踪致病病原体如大肠杆菌的创新策略。Eppinger希望他的研究能够帮助制止和预防大规模爆发。“当人类致病性大肠杆菌爆发时，及时反应非常重要，”他说。“通常，起初没有关于疾病起源的信息。”
Eppinger是UTSA南德克萨斯州新发传染病中心的成员，他称他在UTSA开发的方法是一种爆发菌株的全基因组序列分型。据研究人员介绍，每次爆发都具有独特的特征。爆发菌株具有微妙的特征，使其与其他菌株区别开来，这使得Eppinger可以将它们与其他爆发进行比较和对比。
他将调查比作看着一辆装满同一辆蓝色汽车的停车场。它们看起来非常相似，但是Eppinger正在寻找最小的差异，例如凹痕，划痕或破碎的尾灯。“没有细节太小，”他说。“我们可以利用这些差异通过观察这些特征是否存在于同一病原体爆发的其他病原体中来追踪疫情的来源。”
发现爆发之间的相似性可以将病原体追溯到某个国家或地区，甚至可以追溯到一个单一的位置。调查人员可以更快地找到爆发的来源，他们可以更快地控制爆发。
Eppinger的策略还可以帮助确定病原体的致命性。在他的研究中，他专注于大肠杆菌的爆发，大肠杆菌最近影响了像Chipotle这样的餐馆以及销售冷冻披萨产品的Totino's等公司。“一些爆发可能比其他爆发更严重，”他说。“由于2006年爆发的蔓延通过菠菜蔓延，近半数受影响的人住院治疗，其中很大一部分患有永久性肾脏损害。”
通过用他的技术研究来自不同过去大肠杆菌爆发的菌株，Eppinger能够测量每种菌株产生的毒素的量，这是疾病的直接介导，并显示了由此产生的疾病的严重程度。“就疫情调查而言，你可以问一个人他们在哪里吃饭，在哪里工作，以及他们最近是否去过，”Eppinger说。“如果我们得到爆发菌株，我们可以将其直接映射到其他爆发菌株并找出原因。答案就在于这些微小的细节。”
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