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黄瓜，西瓜，南瓜和哈密瓜等作物受到真菌Pseudoperonospora humuli和Pseudoperonospora cubensis的影响，两者都会产生霜霉病。现在，生物信息学技术可以识别那些病原体的基因，以确定理想的治疗方法。
研究人员希望在基因组水平上了解这些真菌之间的差异。在北卡罗来纳州立大学工作的植物生物技术专家Elsa Gongora Castillo博士说，如果基因在一种真菌中表达而在另一种真菌中不表达，那么它们就可以作为这些作物中适当处理的标记。
她进行计算机分析，以确定影响葫芦科植物科(黄瓜，南瓜，哈密瓜，西瓜)的真菌。“它有点像人类疾病，但在植物中要了解病原体及其与植物的相互作用，可以开发出治疗受影响植物的功能性治疗方法，”植物基因组学专家说。
研究人员解释说，她寻求为黄瓜，南瓜，哈密瓜和西瓜定义除常规杀菌剂之外的替代系统。
影响这些植物的霜霉病是由真菌感染引起的; 因此，研究旨在分析他们的差异。首先，收集来自这些植物的叶子样品用于体外培养以分离真菌; 然后提取真菌的DNA和RNA用于测序，并且通过生物信息学分析，研究人员可以确定一个物种的基因组中基因的存在与否。
“通过病原体的序列，我识别基因及其表达水平;换句话说，为了研究基因，我比较了其中两个 - 在这种情况下，来自Pseudoperonospora cubensis的基因对抗Pseudoperonospora humuli。我看到有多少序列P. cubensis的一个特定基因和同一个基因P. humuli有多少个;如果序列数存在差异，我们说该基因是表达或抑制的;或者如果基因存在与否基因组，“贡戈拉说。
目前，正在证实从计算机分析中获得的实验室结果，研究小组力求使美国农民及其作物受益。该分析将有助于研究模型，以便了解其他大规模现象。
“我们的模型可以在墨西哥的其他地方复制。但我认为需要大量的科学投入才能扭转局面，尤其是工业与科学之间的紧密联系，”贡戈拉说。
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