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对红海中两种细菌菌株的分析表明,它们富含基因簇,可能激活各种工业上有用的化合物的合成,从新型抗生素,抗癌剂和色素到有用于作物保护和食品工业的化合物。
细菌是生物活性化学化合物的丰富资源,KAUST计算生物科学研究中心的Magbubah Essack解释说,能够承受红海高盐度温水的细菌菌株有望产生适合工业应用的坚固酶。
该团队对两种芽孢杆菌种的基因组进行了测序:从沙棘阿拉伯西海岸的Rabigh Harbour Lagoon的微生物垫中采集的红树林泥和B. paralicheniformis Bac84收集的B.paralicheniformis Bac48。将这两个与其他三个B.palicheniformiform和九个地衣芽孢杆菌菌株的记录基因组进行比较。与其他芽孢杆菌菌株相比,红海菌株具有与生物活性化合物合成相关的更多数量的基因簇。
该小组还报告了首次使用计算机程序来鉴定副伤寒沙门氏菌菌株中的基因簇,在这种情况下,B. paralicheniformis Bac48,称为反式酰基转移酶非核糖体肽合成酶/聚酮合酶,与生产相关一组特定的化合物。
该研究的第一作者,计算生物科学家Ghofran Othoum说:“研究结果肯定了这样一个前提,即红海是一个代谢独特的环境,值得探索可用作生物技术宿主的高效微生物。” “此外,我们的计算探索方法显示了计算机建模方法在应用中的优势,这些应用需要对生物技术系统进行生物技术使用。”
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