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艾伦研究所和华盛顿大学的科学家们开发了一种新的低成本技术，用于分析数十万个细胞中的基因表达。基于分裂池连接的转录组测序(SPLiT-seq)是一种可扩展的技术，用于表征单个细胞中的RNA，可用于鉴定脑和其他组织中发现的各种细胞类型。这项研究发表在本周的“科学”杂志上。
“为了理解任何多细胞生物系统，我们需要了解它的构建块及其细胞，”艾伦研究所的科学家Bosiljka Tasic说。“大脑中含有许多不同形状和大小的细胞，但不存在对其进行表征和分类的通用方法。在单细胞中表征RNA是一种对细胞进行分类的方法，但现有方法价格昂贵且需要专门的设备。自SPLiT -seq可以在任何实验室中使用基本设备完成，这可能会导致单细胞转录组学的更广泛采用和标准化。“
先前开发的测序技术要求在用标准遗传条形码标记RNA之前分离每个细胞。使用SPLiT-seq，细胞永远不会被隔离。相反，细胞用作其自身RNA的隔离区。细胞池被分成多个组，其中条形码被添加到它们的RNA中。该过程重复多次，以使每个细胞的RNA具有独特的组合条形码。这使研究人员能够同时分析许多细胞的基因表达，并将其分类。
“对于这个项目，我们使用SPLiT-seq在发育中的小鼠大脑和脊髓中分析了超过150,000个细胞，我们为特定细胞类型定义了许多新的分子标记，”电气部合成生物学家Georg Seelig说。工程学和华盛顿大学的Paul G. Allen计算机科学与工程学院。“我们的实验每个细胞只花费一美分.SPLiT-seq显着降低了想要进行单细胞分析但却买不起昂贵的专用设备的实验室的障碍。”
“许多疾病，如阿尔茨海默氏症和帕金森症，都是从某些细胞类型的功能障碍开始的，”Tasic说。“洞察这些类型是什么以及哪些基因出错了将导致更好地了解这些疾病如何开始和进展，以及如何治疗它们。”
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