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在今天发表在Cell上的一项研究中，贝勒医学院的研究人员对人类结肠癌组织进行了基因组学和蛋白质组学分析。他们的研究强烈支持肿瘤组织的全面表征，作为指导进一步研究的手段，从而导致早期诊断策略和新疗法。
在生成基因组和蛋白质组数据后，该团队使用生物信息学进行分析。结果是结肠癌肿瘤和邻近正常组织产生的不同蛋白质的第一个系统目录。
“我们不仅能够确认先前描述的结肠癌分子标志物，还能够揭示肿瘤和正常组织产生的蛋白质之间的新差异，这可能值得进一步研究，”资深作者张兵说。
研究人员还发现，基因组和蛋白质组学数据的结合极大地提高了他们对结肠癌细胞的认识。
进一步的生物信息学分析提出了对基因组和蛋白质组学数据(如SOX9实例)之间明显矛盾的可能解释。“一个例子是SOX9，”张说。“我们的基因组数据集表明，SOX9是一种肿瘤抑制基因，因为它经常在结肠癌中发生突变，这种方式表明该基因编码的蛋白质的功能会被破坏，并且蛋白质不会在较小的蛋白质中产生或产生。量。但是，当我们观察蛋白质组学数据 - 癌症组织中的实际蛋白质时 - 我们观察到相反的情况;SOX9蛋白在这些肿瘤中非常丰富，比正常情况更多。因此，蛋白质组学数据挑战了SOX9是肿瘤抑制因子的迹象。“
“对基因的分析告诉我们可能出现的问题。但是，在我们分析蛋白质之前，我们并不确切地知道究竟出了什么问题，“太平洋西北国家实验室的合着者刘涛说。
研究人员使用名为LinkedOmics的网络工具访问了所有数据，该工具还为进一步探索该数据集提供了计算工具。
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